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  • 使用Pysam操作BAM文件

    Pysam操作BAM文件 Pysam包是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,...

  • python脚本截取fastq序列

    前言   最近在学习单细胞方面的知识,遇到了一个小的需求就是截取需要的fastq序列。先来说一下为什么有这个需求,一般来说单细胞的测序文件有三个如test_R1.fastq....

  • @godgmy 谢谢谢谢,突然有了更新的动力😘

    R aggregate()函数

    一:介绍: aggregate函数是数据处理中常用到的函数,具有强大的功能。可以按照要求把数据打组聚合,然后对聚合以后的数据进行加和、求平均等各种操作。具体说明可使用命令:h...

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    什么是宏基因组?

    2011年,当时我被分配到了老东家综合楼514室的医口业务线小RNA组混。做小RNA测序服务业务的技术支持。某日,办公室里,同事A不知哪根筋堵塞,突发灵魂一问:“到底什么是小...

  • 群落多样性之Alpha多样性(一)

    学习生物学,一项很重要的事情就是理解概念。有一种方法就是直接从名字上理解概念。小RNA,是不是就是很小的RNA?宏基因组,是不是就是很“宏”的基因组?……答案很统一:必须是啊...

  • python open()的r+、a+、和w+

    对于open()的这三个参数的不同点,我用python3做了文件写入测试,使它更直观。 使用file:sample.txt做测试。 1、r+演示: (1)、打开演示 (2)、...

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    R aggregate()函数

    一:介绍: aggregate函数是数据处理中常用到的函数,具有强大的功能。可以按照要求把数据打组聚合,然后对聚合以后的数据进行加和、求平均等各种操作。具体说明可使用命令:h...

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    下载GEO数据,R语言-做个基因的差异分析并且画个热图展示

    1、下载GSE115850数据 2、读取数据且处理数据,数据格式是这样的: 接下来是要把行名改成基因名,又因为行名只能是唯一的不能有重复,所以要把多个Ensembl对应的同一...