IQ-tree也是一款最大似然法构建进化树的软件，目前IQ-tree已经更新到2.0版本功能和性能也有很大的提升，主要有四大功能，高效建树（efficient tree re...
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IQtree：使用 SNP 数据构建系统发育树 -
RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并预计表达水平 3、SAM tools 课上已经用sudo a...
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水稻转录组分析Hisat2+Stringtie+Deseq2
关于流程： Nature Communications 文章 《Gaining comprehensive biological insight into the trano...
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snpEff注释水稻基因组1安装方法 首先安装好java环境，通过官网下载最新版本的软件压缩包，然后解压即可，最好安装在自己熟悉的目录下。 java检测 java -version 配置数据库 有一些...
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dos2unix安装
软件地址https://sourceforge.net/projects/dos2unix/ 1.服务器上下载 wget https://zenlayer.dl.source...
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ANNOVAR注释水稻基因组
软件： 1gffread conda install -c bioconda gffread gffread NIP-T2T.gff3 -T -o nip_t2t.gtf 2...
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最后结果没看懂，显著位点是Chr1__272173254。但是最后区间怎么是Chr1__272167657:Chr1__272167710，怎么会不包含显著位点？
11.GWAS：确定候选区间
确定了与表型显著的SNP位点后，通常会选择在显著性位点所在位置前后，各一定的距离内，确定候选区间，进行候选基因挖掘，而这个距离如何确定？9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿...
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您好 (6) 将野生型亲本的reads重新比对到新构建的野生型参考基因组上
找由于错配导致的变异位点，用于后续的排除和过滤
使用软件：bwa、cover refine、cover call 这个里面用的软件找不见呀使用MutMap快速定位突变基因：流程篇
在上一篇文章《使用MutMap快速定位突变基因：原理篇》中，我对MutMap的原理进行的简单的介绍。在本篇教程中，我会对MutMap分析的流程及分析过程中使用到的软件及其参数...
