缘起 今天有人咨询我，PRSS1基因NM_002769.5转录本的 c.86A>T，p.Asn29Ile 突变（rs111033566[https://www.ncbi.nl...
IP属地：河南
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一定要使用包含Decoy的参考基因组啊！ -
mnp强烈不建议拆分！因为发生在外显子去的 mnp拆分后，注释出来的氨基酸变化完全就是两种！
刘小泽学习外显子-三款软件gatk、muse、varscan的结果差异
刘小泽写于2020-3-9不涉及软件的具体使用方法，重点在于结果的比较从一个小问题入手不断探索，也是一种不错的学习方式 需要先进行预处理步骤——得到BQSR bam 下面的流...
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我说的是，你在你自己容器内行使root权限，不是在宿主机上面。容器你自己建立的啊@426ce53112ce
Docker部署Rstudio Server【二】：docker多参数设置
上一节内容我们成功将Rstudio Server镜像运行起来，这一节让我们把docker镜像打造成可实际使用的工具。 docker镜像运行中的关键参数 目录映射-v dock...
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@426ce53112ce 看看能不能library出来？若你在你自己构建的容器中操作，就用root搞定一切，实在不行开新容器从头装
Docker部署Rstudio Server【二】：docker多参数设置
上一节内容我们成功将Rstudio Server镜像运行起来，这一节让我们把docker镜像打造成可实际使用的工具。 docker镜像运行中的关键参数 目录映射-v dock...
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@426ce53112ce 在R命令行中用Choose系列命令搞定
Docker部署Rstudio Server【二】：docker多参数设置
上一节内容我们成功将Rstudio Server镜像运行起来，这一节让我们把docker镜像打造成可实际使用的工具。 docker镜像运行中的关键参数 目录映射-v dock...
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最近在搞单细胞了？
安装SeuratData的解决办法
想要LoadData("ifnb")需要library(SeuratData)，但是devtools::install_github('satijalab/seurat-da...
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你可以考虑把你写的东西归类了。比如，统计学习专门归一类，日常分析记录归一类
统计学习方法5.2 - 5.5 笔记
5.2 决策树 -- 条件概率分布 如果有10个条件概率分布，对应特征空间的10个划分，相当于构建了10棵决策树。特征空间由特征向量组成，特征向量表示输入的每一个实例。一般认...
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Python我不熟，但很重要。学这个主要靠你自己了
2022-07-04 （5）得到高频克隆型，Gene usage、聚类、多样性、motif、氨基酸序列图
本周工作安排：1、得到健康人的免疫组库测序数据。2、Gene usage、聚类、Diversity图3、用高频CDR3，进行抗原预测分析，得到氨基酸序列图、弦图。4、找到特异...
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tar.gz或者tgz格式的压缩包，在linux环境中常用。解压缩这类东西一般在服务器上用命令行搞定
2022-06-05 （1）获得带新冠症状的数据
在ImmuneAccess这个网站，首先找到病人信息（标签）的表格。 筛选“covid_category”这一列，得到具有症状“Acute、Exposed、Recovered...
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那个Python脚本，你自己写的么？
2022-07-04 （5）得到高频克隆型，Gene usage、聚类、多样性、motif、氨基酸序列图
本周工作安排：1、得到健康人的免疫组库测序数据。2、Gene usage、聚类、Diversity图3、用高频CDR3，进行抗原预测分析，得到氨基酸序列图、弦图。4、找到特异...
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RNA Seq处理这个问题有专门的一个包叫tximport，而且，测序不是芯片，特定Symbol表达量为多个基因/转录本之和，没有取最大或平均值一说。若论文中有这么干的那是他们不懂测序
ensembl_id转换与gene symbol基因名去重复的两种方法
在RNA-seq或芯片数据下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id ( gene_id ) 转换为gene symbol(gene_name)的情况，而...
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@Morriyaty 谢谢关注，修改成对的了
使用nanopolish从牛津纳米孔测序Reads中分析基因组甲基化
程序安装部署 目前，由于github仓库被墙，单纯按照官网安装说明[https://nanopolish.readthedocs.io/en/latest/installat...
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问题来了：现在的测序数据，做bqsr还有没有必要？尤其是NovaSeq平台出来的数据？
10-GATK的最佳实践-bqsr检查
前面sed跑完之后就可以跑bqsr了，sed还是很快的，在跑一下 看着一点第一个出来的log。recal，那个chrMT还有没有问题了 才跑到11号染色体，在等的感觉不对，发...
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@千容安 那他们找差异基因用的什么方法？若不是用的DESeq，则确认一下输入是Reads数还是TPM/FPKM之类，计算DEG前有没有归一化？
2022-05-06 “平头”“平底”火山图解决
异常的火山图上下的点挤成了一条线 观察数据发现，原来正常出图的数据中，padj最小时0.00452（占<0.01%），最大是0.9982（占<0.1%）。这次的数据中，pad...
