今天这个小tip还挺实用的我早上正在使用笔记本电脑上网,突然往断了,各种wifi 都连接不上去,然后设置了网络reset之后,更加连信号都搜不到了。 这要是在开会或者有正事,...
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看你的需求,群体水平质控最好一起吧
2018-11-01GWAS实战(四)plink 进阶之数据过滤数据好不好,影响到结果的准确性,所以我们要来对数据进行过滤,过滤前,我们应该对数据的部分特征进行统计描述,以此为依据来进行过滤。 这里介绍的几个指标:1.individual...
您好!请问做质控是否一定要将个体的所有染色体数据bmerge到一个文件才能开始?因为我的数据太大了,磁盘放不下,所以想分批过滤可以逐步减少文件内存。
感谢你的回答!
最小等位基因频率和为什么要过滤 最小等位基因频率怎么计算?比如一个位点有AA或者AT或者TT,那么就可以计算A的基因频率和T的基因频率,qA + qT = 1,这里谁比较小,...
最近真的有点倒霉,骨折了,已经躺了好多天,所有的事情都暂停了下来。 可能这就是命运吧,让我老老实实呆在家中,哪里也去不了。 北京之行也直接中断了,好在已经把EigenGWAS...
这几天一直在上海 北京交流,和很多实验室的老师同学一起讨论问题,感觉学到了非常多的知识。 虽然EigenGWAS 已经基本成型,在线网站 www.eigengwas.com[...
1.Linux服务器安装Aspera Note:如果服务器无法用其中一个版本的Aspera,建议更换Aspera的版本。参考:https://www.jianshu.com/...
这个其实在服务器联网的状态下,操作起来十分简单 首先给服务器安装conda 然后用conda安装gffread 安装好之后,一条命令搞定 反过来也可以 如果没有linux系统...
不知不觉又过了一年,人总是容易懈怠和疲倦,但是每次想起来,还是之前认认真真学习记录的时候最踏实。今天记录一下IQ TREE的使用 其实IQtree的网站做的很好,很方便学习:...
问题描述:有些物种,基因组拼接的可能不是很好,或者说,在基因注释的时候,没有注释的很清楚,这个时候会怀疑直接从基因组fasta文件和gff3文件中提取的基因是有问题的,那么如...
1.用户管理 2.权限管理 3.磁盘管理 4.进程管理 5.服务器安全 问题描述:Linux个人账户由于密码设的过于简单导致被人入侵。个人账号一提交命令就被kill掉参考:h...
写在前面 用过 BLAST 进行基因功能注释的朋友应该常常遇到两个问题: BLAST 输出格式较多,选择哪一类输出格式更为实用? 输出结果信息较多,如果方便下游数据分析? B...
1.gffcompare软件介绍 当与参考注释文件进行比较时,gffcompare可用于比较、合并、注释和估计一个或多个GFF文件的准确性。 2.gffcompare软件使用...
对于画进化树,其实有很多的软件和方法,有命令行的,也有可视化界面的,还有在线网站(iTol)这样在线美化的,但是对于生信小白来说,最重要的是先上手,这里简单记录一下,最快速度...
这个没有特定的,你根据自己的需要设置就行
2018-11-05 GWAS实战(六)plink 进阶之主成分分析和群体分层要学习这一节,首先是要学习什么是主成分,什么是聚类这个我一直有点搞混,可以百度谷歌查一查http://www.cnblogs.com/pinard/p/6239403.htm...
在最初学习深度学习的时候,比较容易混淆三个概念Epoch Batch Iteration如果对这三个概念没有一个清晰的认识的话, 在看别人文章的时候,很容易犯糊涂 Epoch...
一般来说,拿到计算机以后,需要先看一下电脑的配置,这里主要学习一下看CPU的信息和内存的使用情况: CPU 首先要了解 CPU的一些基础知识百度百科里面都有 CPU的基础...
本次主要来理解一下什么是链特异性文库,为什么要构建这种文库。 首先要明确几个概念,对理解后面的讲解很有帮助: 基本概念 正链(forward strand): 我们可以理解为...