整个流程需要软件：bwa+picard+gatk+annovar软件的安装与使用大家可以自行百度。。。。代码如下： 代码仅供参考请铭记马克思主义活的灵魂：具体问题具体分析！！！
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分享一段基因组测序数据比对和变异检测的“代码”
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用Python和C语言实现DNA双序列简单比对
这是DNA双序列比对类型中最简单的一种，要求输入的两条序列长度相同，通过运行代码给出两条序列的比对得分 Python代码如下 C语言代码如下 如果有问题，欢迎大家和我一起讨论！
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用C语言实现DNA双序列滑动比对DNA双序列滑动比对也是比较简单的一种比对方式算法思想大概如下： 假设有两条DNA序列：ATCGCAG 和ATC，那么进行滑动比对的过程如下1.以空位标识符‘-’填充另一条序...
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用Python和C语言实现DNA双序列全局比对（Needleman-Wnnsch算法）双序列全局比对主要是依据Needleman-Wnnsch算法来进行 整个过程分为三步1.设置一个矩阵：第一条序列长m,沿x轴排列，第二条序列长n，沿y轴排列2.设置打分矩阵，...
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用Python和C语言实现DNA双序列局部比对（Smith-waterman算法）双序列局部比对的算法和全局比对算法的步骤相似，只是赋值规则稍有不同，每个单元格的分值由前面对角线的分值和引入一个空位得到的分值的最大值决定，但是分值不能为负值，如果为负值，则...
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对转录组测序数据进行分析以及注释
随着二代测序技术的高速发展，人们获得了大量的转录组数据序列如何从数据中挖掘具有生物意义的信息已经成为很多研究的关键，对未知基因的功能进行预测和注释就是一个重要问题这篇文章主要...
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运行FastQC报错
近期使用RNA-seq，在NCBI上获取原始数据后，想使用fastqc检查二代测序数据是否存在问题。于官网下载fastqc的软件包，并解压至Biosofts文件夹。运行 报错...
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使用tophat2和cufflinks进行转录组分析
处理原始数据和参考基因组数据后，开始比对分析。将比对所需参考基因组的索引文件和基因组注释文件存放于hg19文件夹，并将sra文件解压至Fastq文件夹。主要步骤：1.用Tti...
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Aspera下载SRA文件
Aspera用法如下： 一、 Aspera下载一个SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列 Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹 二、 Aspera批...
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利用samtools将sam格式的文件与bam格式的文件进行相互转换
bowtie2是当今流行的序列比对软件，其输出结果为sam后缀名的文件 sam格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准， ...
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