一、安装ECNet (一)虚拟机使用极狐网站 引用链接: https://www.jianshu.com/p/8afdd5b48e56 [https://www.jiansh...
R的索引从1开始,Pyhon从0开始 创建leadership数据框 从leadership数据框中选择变量q1, q2, q3, q4, q5,并将其保存到数据框newda...
请问怎么用KEGGREST对一个具有geneID和KO注释信息的文件进行富集分析
KEGGREST使用方法一、介绍 KEGG[https://www.kegg.jp/kegg/] 是一个数据库资源,用于从分子水平信息,特别是基因组测序和其他高通量产生的大规模分子数据集,了解生物系...
一、安装 Trimmomatic是基于Java开发的,因此需要提前安装Java环境,才能使用Trimmomatic。安装Java环境可以参考我的简书:https://www....
2021.3.17持续更新中。。。 ⭐总纲 材料:Illumina双末端测序原始数据(通常是两个fastaq的.gz压缩文件,文中为:sequence_1.fastq.gz和...
2021.4.3持续更新中。。。目的:从Illumina原始下机数据拼接细菌基因组草图。软件:FastQC、Cutadapt、Velvet、SSPACE、gapfiller ...
bcftools下载 进入bwa_test目录下,将bcf文件转换为variant.bcf格式 查看生成文件 将上述生成的variant.bcf文件转换为vcf文件类型 查看...
apt-get安装bwa: 下载参考基因组 3. 运行bwa将read比对到参考基因组 bwa比对 打开比对文件 Bowtie2安装运行 拷贝参考基因组文件 建立索引 bow...
1、FastQC的安装 进入biosofts目录,下载fastqc安装包,wget 加安装包路径 将安装包文件解压缩 对FastQC增加执行权限,并查看安装情况 加入环境变量...
1、链接下载 1、在linux中输入命令 wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86...
SPAdes的安装: 源代码安装: 将文件夹解压缩到指定位置 进入文件所在目录查看安装情况 定义环境变量 在根目录下查看安装是否成功 SPAdes组装短序列基因组
Quast的安装 进入软件目录 测试软件是否可以运行 添加环境变量 用Quast分别对SPAdes和velvet的结果进行评价 查看python环境,若环境为3.8,则需切换...