-2. 在一篇讲泥炭藓的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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Dfoil - 推断祖先基因流 -
如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？
需求 客户的一个简单需求： 我有一批功能基因位点，想从重测序的群体材料中找到这些位点，如何批量快速获得？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh...
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冗余分析（RDA）——R包vegan从概念上讲，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是响应变量矩阵与解释变量矩阵之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA分析，也是多响应变量（multi-...
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潜在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群体（区别于强人工选择）中，如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性，随着环境变量的改变而变化，则这些环境变量往往反映了环境作用于个体表型的选择...
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这个这个
https://www.zhelper.net/
可以自动找新的可用的[更新] zlibrary最新入口
2024/06/30需翻墙https://zh.singlelogin.re/[https://zh.singlelogin.re/]https://zlibrary-glo...
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[更新] zlibrary最新入口
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使用EGGNOG-Mapper对非模式物种快速进行GO或KEGG注释对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注释结果文件中，可以同时获得序列映射上的GO号或KO号，直接提...
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请教一下，请问你后来解决了吗？
我也遇到了这个问题。种群历史研究：MSMC软件安装
前言 种群历史动态研究常用软件有PSMC、MSMC、SMC++，小编接下来带你安装MSMC 安装所需环境 （一）D编译器 安装DMD，官网DMD[http://dlang.o...
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宏基因组学/群体遗传学 方向
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https://github.com/joanam/scripts/blob/master/convertVCFtoEigenstrat.sh
使用AdmixTools(admixr)做D-statistics
ADMIXTOOLS是David Reich实验室开发的软件包，在群体遗传学中，用于计算和测试群体混合统计，验证杂交事件。R包admixr是实现ADMIXTOOLS的一种直接...
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ggplot2画图：legend整理(title/position/order...)修改一组legend，导入iris数据集，默认画图： 修改legend的题目 (title) 修改legend的位置 (position) 修改位置有两种方式，一种是直接给出...
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【R】提取 PCA 结果并利用 ggplot2 进行可视化
最近，师妹在利用 R 对 PCA 结果进行可视化时遇到了一些问题，她说不太明白 ggplot2 怎么用在 PCA 结果上，那就安排吧。 PCA、PCoA、NMDS、RDA 等...
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多重比较-Bonferroni法和Benjamini & Hochberg法本次笔记主要介绍多重比较下两种常用的矫正P值的方法：Bonferroni法和Benjamini & Hochberg法（BH法） 多重比较问题 假设检验的基本原理是小概率原理...
