把read比对到基因组之后，需要提取唯一比对来进行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都没有只输出唯一比对的命令，所以需要对比对结果sam文件进行提取，可以通过sam...
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比对 unique mapping reads
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基于R的线性混合效应模型分析以下只是我自己学习LMM所做的笔记，并不保证完全正确。 基于R的线性混合效应模型(linear mixed effects models)分析 why 为什么要采用线性混合效...
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R包vegan的Mantel testsR包vegan的Mantel tests Mantel tests是确定两组距离测度矩阵（而非两组变量矩阵）之间相关性的相关性测试方法，用于判断一个矩阵中的样本距离与另一矩阵...
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GATK4 最佳实践-生殖细胞突变的检测与识别
欢迎关注"生信修炼手册"！ GATK4 对于体细胞突变和生殖细胞突变的检测分别给出了对应的pipeline: Germline SNPs+Indels Somatic SNV...
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你知道如何比较两个VCF文件吗？
最近工作中遇到需要比对两个不同的VCF文件，看看两个VCF文件中哪些变异位点是相同的，哪些是不同的。为了寻找解决办法，于是求救Google，发现了一篇非常不错的教程。于是今天...
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ggplot2 008 箱线图及小提琴图1.箱线图 Box plots 1.1 语法 geom_boxplot( mapping = NULL, data = NULL, stat = "boxplot", pos...
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种康院士耐冷信号通路
Cold signaling in plants: Insights into mechanisms and regulation ##Xiao yu Guo ; Dongf...
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「基因组注释」MITE-Hunter鉴别基因组的MITE序列背景篇 MITE属于II类非自主转座因子，并且在真核生物中存在大量的拷贝。 MITE长度大约是500bp，并且扩增速度非常快。2013年一篇发表在NAR的文章"P-MITE:...
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以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（上篇）BSA虽然不是我最早接触的高通量数据分析项目（最早的是RNA-seq），但是却是我最早独立开展的数据分析项目， 我曾经专门写过一篇文章介绍如何使用SHOREMap做拟南芥的E...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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【数据库】本地KEGG数据库如何拆分子库？根据相似性原理，序列相似，功能相似，所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列，再将输入ID对应数据库ID，进一步对应到功能条目的关系。 数据库要么建到本地，要么...
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csvtk——CSV_TSV文本处理万能工具
写在前面 能干什么？ 学习任何一个工具或是文章中的一类炫酷图表时，我觉得首先需要能明白：这个工具/这类图表能干什么？这个工具/图的展示方式是最好的么，还有哪些不足之处。然后再...
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linux下安装blast并创建nt数据库
BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignmen...
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GOplot 可视化基因富集分析结果GOplot 包通过封装好的函数可视化基因功能分析结果。 #1. 安装 #2. GOplot 内置数据 ##2.1 脑和心脏内皮细胞的转录组数据 来自文章Nolan et a...
