新年好啊 :) 最近使用Seurat画小提琴图时想将组间的p值给标上，发现Seurat的VlnPlot并没有参数直接支持这个功能。本文就记录一下解决的方案。 Data pre...
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R-Seurat VlnPlot 添加显著性标注 -
CytoTRACE2-basicCytoTRACE2 CytoTRACE2是 Newman Lab[https://anlab.stanford.edu/] 开发的用于预测scRNA-seq数据中细胞干性和...
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R-Seurat V5 to H5AD
最近想将单细胞数据从Seurat转换到H5AD格式，但发现Seurat V5直接转换会报错。这里记录一下解决的方案。 直接转换会报错 Error in assay.group...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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enONE最近开发了一个R包，enONE（https://github.com/thereallda/enONE[https://github.com/thereallda/enONE...
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Geneformer | 基因分类预测Gene Classification 上一篇文章写了用Geneformer如何做细胞分类[https://thereallda.github.io/2023/08/02/g...
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Geneformer | 细胞注释Geneformer 是一个基于30M scRNA-seq data训练的Transformer模型，训练数据包括人类的多种组织器官。Geneformer可以用于细胞水平的分...
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scanpy | 基本单细胞数据分析流程scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文记录使用scanpy处理3k PBMCs scRNA-seq数据的流程。 环...
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GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别一、 简述 为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
