在基本的生信分析中，我们有时候需要某些基因的序列，而下载的参考基因组包中，一般不会提供每个基因的序列。下面分享一个简单的根据gff或gtf注释文件提取目的基因序列的pytho...
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根据注释文件中基因位置提取序列
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非模式物种GO富集数据库准备（一）当我们需要做非模式物种的富集时，进行查询后也没有对应的数据，那么需要我们自己准备。那就需要这个物种的基因组数据fasta 和gtf 文件自行构建。这里我以斑马鱼为例。斑马鱼其...
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fastp -- 结果文件以A01样本为例： 1_rawdata/A01_R1.fq.gz 1_rawdata/A01_R2.fq.gz 经过cutadapt后得到tempR1 = 'A01_cut...
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非模式生物GO、KEGG富集分析GO、KEGG富集分析是我们做生信分析较为常用的部分，它可以将基因与功能相联系起来。GO指的是Gene Ontology，是基因功能国际标准分类体系。目的在于建立一个适用于各...
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小麦三代转录组融合基因定量小麦三代转录组融合基因定量 三代转录组的序列普遍比较长，得到的是完整的全长的转录本，在后期处理过程中无需组装，大大的降低了错误率。二代转录组测序得到的结果通常都是打断后的序...
