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Jupyter notebook：使用argparse包报错与解决方法 -
Leetcode 0002 Add Two Numbers
题目：给你两个非空的链表（linked lists），表示两个非负的整数。它们每位数字都是按照逆序的方式存储的，并且每个节点只能存储一位数字。请你将两个数相加，并以相同形式返...
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Python中str()与repr()函数的区别
在 Python 中要将某一类型的变量或者常量转换为字符串对象通常有两种方法，即 str() 或者 repr() 。 但是这二者之间有什么区别呢？因为提供两个功能完全相同的内...
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Leetcode 0001 Two Sum题目： 给定一个整数数组 nums和一个整数目标值 target，请你在该数组中找出和为目标值的那两个整数，并返回它们的数组下标。你可以假设每种输入只会对应一个答案。但是，数...
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用KL divergence来估计density ratio
今天读论文遇到了用KL divergence来估计density ratio的方法，被原论文一笔带过，特意找来reference，感觉想法很不错，整理如下： 首先估计dens...
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每日技能增长日记5.17开始
这是咸鱼了几个月的时候写的———— 我要想想自己是为什么放弃了一些东西来到这一步的。因此我不能松懈。1月到三月一直在咸鱼划水，这真的够了。phd可以说是一份工作，我拿着高薪，...
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factor转为numeric
若我们想将一个factor类型的数据(1,10,2)转为numeric类型的(1,10,2)，一定不要直接用as.numeric命令，而要先把factor转换为charact...
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gene name和gene ID之间的转换
在实际应用中，我们经常需要在gene name和gene ID之间进行转换。当需要处理的基因数量很少时，我们可以直接从NCBI(https://www.ncbi.nlm.ni...
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原假设正确的情况下，p value的分布
最近看论文时，看到一个结论经常被使用——"p values corresponding to truly null hypothesis should be uniforml...
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批量解压文件，将解压后的文件保存在一个文件夹中
在最近的工作中，笔者遇到了一个问题。笔者从TCGA数据库中下载了全部癌症病人的whole genome的RNA-seq数据。但是利用TCGA提供的gdc-client下载工具...
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如何获取KEGG Pathway上一个pathway的gene list首先导入相应的R包和数据。（上面程序里用到的几个R包需要用biomanager来安装。）hsa_kegg_anno即包含了KEGG数据库中，所有与人有关的pathway的全部...
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Kolmogorov-Smirnov test (KS test)
KS test 是一非参数检验，用于检验某一个样本是否来自于某一特定分布，或者比较两个样本是否来自于相同的分布。这里我们先介绍检验样本是否来自于某一分布的KS检验，假设我们的...
