发简信
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连续性变量做生存分析：时间依赖性ROC曲线找截断值
一.对一个连续性变量做生存分析，我们首先需要把变量分成两组，有两组才能有比较，此处需要用到ROC曲线，因为ROC曲线能找到最有意义的一个点。 （要注意的是，因为生存资料的结果...
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公众号 生信小课堂
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R ESTIMATE计算免疫基质得分以及肿瘤纯度ESTIMATE计算免疫基质得分以及肿瘤纯度 1.概述 Estimate根据转录组数据来计算免疫基质得分，也可得到肿瘤样本的肿瘤纯度 其原理本质上是先收集好免疫基因集和基质基...
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【转】Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(spe...本文转载自：http://www.360doc.com/content/22/0604/23/76149697_1034565139.shtml 最近在做KEGG富集分析时，...
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学R语言的小辣鸡
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生信小白教程之Count转TPM，FPKM相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。 然而，然而，，我们得...
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KEGG富集分析一直报错，粉丝拯救了我！前面小编给大家介绍过 ☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.c...
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GEO——代码复现
文章题目：Identification of the interaction network of hub genes for melanoma treated with v...
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肿瘤微环境中免疫细胞的双重作用：促肿瘤和抗肿瘤及其触发因素免疫系统与肿瘤之间的关系是目前癌症领域研究最多的课题之一。以前，人们认为癌症仅肿瘤本身的作用；然而，现在我们知道它需要不同细胞和细胞因子的支持，即肿瘤微环境（TME）。在构成...
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南京大学生物学，佛系更新~
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好物分享：ggsignif——优雅添加显著性标记该包目前仅适用于利用 ggplot2 进行绘制的图形 我们在利用ggplot2进行数据可视化的时候经常会需要对两组数据进行比较，并添加显著性标记，自己学习之余，也给大家分享一...
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TME免疫评分与基质评分首先会给大家介绍肿瘤的微环境，肿瘤微环境是肿瘤细胞所处的细胞环境，其组成包括细胞外基质、可溶性分子和肿瘤基质细胞。肿瘤微环境一旦形成，众多面会议细胞，如T细胞、髓源抑制细胞、...
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