基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组...
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纯二代测序从头组装基因组 -
愚见 | 解读文稿 BMC Plant Biology 本氏烟类成束蛋白阿拉伯半乳聚糖基因家族分析写在前面 今天我又更新了 TBtools。不过整体上是一些小的优化。并不值得长篇大论。当然，这主要是我“水”的能力还不够。正好出门在外，不想干活，那就看一下一些 paper。...
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Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北
近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml，hyphy有以下几大优点： 操作使用简单。 运...
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如何计算kaks值和4dtv值前期准备 不同物种的蛋白和cds序列：os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds 依赖程序：blast+, clustalw2, ParaAT, KaKs_...
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karyoploteR：画染色体的好帮手投稿在其他公众号里了，这份为作死测试用的，真的不是抄袭，，， karyoploteR official website(github) bioconductor github...
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TBtools 的 Circos 功能到底有没有人在用？写在前面 久前，我在 JIGplot 中增加了极坐标转换功能，即掰弯。这一特性适用于 TBtools 几乎所有输出图表，如热图，基因结构图，毕竟用户都可以手动掰弯。在实现这一...
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TBtools | 更灵敏但也准确的串联重复鉴定逻辑写在前面 早些时候，TBtools中增加了唐海宝老师和王希胤老师早年的作品MCScan【注：当然事实上是MCScanX】的GUI Wrapper。这个工具事实上适用于多基因组...
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TBtools | 保守 Motifs 到底属于哪个结构域写在前面 TBtools 基本涵盖了基因家族分析所常见的所有分析与可视化功能，其中最为独特的 莫过于 Gene Structure View (Advanced) 几乎覆盖了...
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超快超省事！统计 Fasta 文件/序列相关信息写在前面 我经常使用一个不起眼的功能，Fasta Stat。但从未写过相关推送。主要是其使用过于简单，只要把 Fasta 序列文件放进去，点击 Start 就可以了。早上起来...
