对SNP的VCF文件质控筛选 1.vcfR简介 vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and qu...
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对SNP的VCF文件质控筛选 -
GWAS基本分析内容之前给大家大致介绍了GWAS在临床生信分析中的概况，包括一些基本概念，原理和注意事项（出门左手边—>临床生物信息学中的GWAS分析），这次具体讲讲GWAS基本分析内容及结果解...
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「群体遗传学实战」第三课: 如何对SNP位点进行过滤
往期教程 「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释 「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图 SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况，一种是仅根据位点质...
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2018-11-01GWAS实战（四）plink 进阶之数据过滤数据好不好，影响到结果的准确性，所以我们要来对数据进行过滤，过滤前，我们应该对数据的部分特征进行统计描述，以此为依据来进行过滤。 这里介绍的几个指标：1.individual...
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群体遗传笔记（一）：群体间选择信号的检测及GO注释从获取下机数据做质控、比对，到calling snp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4.0和全基因组数据分析实践（上），还有Samtools+bcf...
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关于GATK分析RNA-seq数据的一点建议——原创：雷万钧 问题起因： 首先，我在做RNA-seq数据分析Mutaion的时候发现一个问题： 在查看某个样本的突变信息发现，没有被检出，但是查看bam 却发现有很好的r...
