title: "Build a Custom HPV Reference"author: "Jiali Yue"date: "12/27/2021"output:pdf_do...
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Build a Custom HPV Reference
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monocle细胞轨迹追踪原理我们用seurat选取HVG来进行细胞轨迹推断，并且过滤了一些低质量的细胞 加载相应的工具包 本文的数据和预处理来源于：单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操...
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你好！请问用哪个参数可以自定义根细胞？Monocle的ordercell()只有root_state用状态来定义根
monocle细胞轨迹追踪原理
我们用seurat选取HVG来进行细胞轨迹推断，并且过滤了一些低质量的细胞 加载相应的工具包 本文的数据和预处理来源于：单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操...
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CIBERSORT初探简介 CIBERSORT这款软件利用反卷积的方法，利用单细胞RNA-seq的数据，提取特征后，反推Bulk-seq各类细胞成分所占比例。这款软件目前推出了CIBERSORTx...
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组间差异检验，终于有人讲清楚了!什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
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Seurat3||整合方法merge()与IntegrateData()随着单细胞测序技术的成熟，越来越多的研究者选择应用该技术来阐释手上的生物学问题。同时单细胞也不再是单样本单物种单器官的技术，往往会用到多样本整合分析的技术，这方面Seurat...
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configure: error: "You need to install the LAPACK library" JAGS安装问题LAPACK 安装inferCNV包安装需要JAGS，安装JAGS需要依赖于LAPACK。 尝试多次安装，JAGS都显示 在网上找了一堆教程，生成的库都是静态库libcbla...
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Day 11 充分理解GSVA和GSEA单个基因集的GSEA分析 http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/index.jsp GSEA官网列出关于msigdb基...
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单细胞转录组数据分析|| 隐藏在PC轴中的秘密正常情况下，按照目前主流的单细胞数据分析教程，是可以分析我们的数据的。但是，如果在分析过程中发现了不正常的现象，比如，batch这个幽灵真的在脑海里盘旋不去，我们就要检查ba...
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seurat对象结构
Seurat slot 对象信息使用标准R函数可以快速轻松地获得有关Seurat对象的摘要信息。可以使用dim，ncol和nrow函数找到对象的形状/尺寸。细胞和特征名称可以...
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R语言——caret包机器学习的应用
参考文章：https://blog.csdn.net/jiabiao1602/article/details/44975741 此代码主要用于我分析光谱数据，结果为二分类，此...
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
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DESeq2差异基因分析和批次效应移除差异基因鉴定 基因表达标准化 不同样品的测序量会有差异，最简单的标准化方式是计算counts per million (CPM)，即原始reads count除以总reads...
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转录组分析 | 使用STAR进行比对
欢迎关注微信公众号“生信小王子”！ 前几期，小编已经教大家完成了RNA-seq数据的质控，下面就要正式开始转录组分析啦！ 通过二代测序我们可以获得150bp左右的reads，...
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SAMtools的使用说明一、原理 原文章：The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools 摘要 1、SAM格式是一种通用的，用于储存比对后的...
