在从零开始学Circos绘制圈图（一）我们已经绘制出一个比较丑的circos图，这一部分是讲解一些细节。 这一部分会从上一步的两个文件开始，分别是 karyotype.tai...
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从零开始学CIRCOS绘制圈图(二) -
Phenotype : 大规模表型数据处理工具
表型数据的处理，一直是困扰许多同学的问题。面对大规模的表型数据，如果不会编程，纯用Excel的话，往往会消耗大量精力。为了解决大规模表型数据难以处理的问题，小编开发了R包"P...
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西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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群体遗传学习笔记-基础知识
群体遗传学介绍 传统群体遗传学是基于观察到的等位基因频率与预期频率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能会看到有性繁殖的二倍体个体群体，而且这些种群没有重叠...
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群体遗传学-选择清除分析一、中性学说 分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中性的突变等位基因经过遗传漂变引起的，从而形成分子水平上的进化性变化或种内变异。分子演化的...
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关于Tajima's D和Watterson estimator序言 在前几篇的文章中，我们讲到了一个用来检测受到选择后表现异常的loci （outlier）的系数Tajima's D，但是当讲到它的计算公式时，发现其中涉及到了比较复杂的...
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R包发布在CRAN上我最近开发的一个R包被CRAN接收了，发布在：https://cran.rstudio.com/web/packages/chromseq/index.html 主要参考的文...
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厦大本科，清华生科院博士生在读，对表观遗传，计算生物学，发育生物学领域感兴趣
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...
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应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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