困扰很久，终于找到一个方法，实测有效。 每次重启会失效，建议加入~/.zshrc中。
IP属地：江西
-
把你感兴趣的基因集传入enricher()，dotplot()可视化
非模式生物本生烟草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 转录组
AnnotationHub中没有本生烟草数据库，只好自己构建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先参考非模式生物富集分析[https://mp.we...
-
@18a72b24bee6 如果是想蛋白id转基因id，我也不清楚
非模式生物本生烟草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 转录组
AnnotationHub中没有本生烟草数据库，只好自己构建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先参考非模式生物富集分析[https://mp.we...
-
循环中把数据框赋值给变量 ｜ R
循环读取文件，然后把它赋值给由文件名来的相应名称变量。需要assign()函数通过get()函数获取变量内容需要用print()打印，不然不输出结果
-
wc -l 统计行数比excel少一行？从上面发现wc -l统计的比excel少一行 原因是wc -l统计的是 的数量 而可以发现excel导出的这个txt最后没有换行符，也就是wc -l统计的会比真实情况少一行
-
递归下载ftp服务器上的文件最近遇到一个问题，想下载http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/metagenomics/mgnify_genomes/zebrafish-fe...
-
如果没有显式调用 print()，图形可能不会被正确渲染到PDF中，导致文件损坏或无法打开
循环中画图提示文件损坏 | R
在循环中画图，用 跑完之后，我总是会遇到文件已损坏的情况。解决方法：
-
链接失效了，文献题目Bypassing Cultivation To Identify Bacterial Species
全基因组信息获得物种分类信息
有了基因组，怎么知道它的物种分类？结果又应该怎么看？ 方法一：拿到这个网站跑一下http://microbial-genomes.org/[http://microbial-...
-
多重检验标字母 ｜ R两两比较显著性，虽然可以用ggpubr（可参考https://www.jianshu.com/p/f53a05da7745[https://www.jianshu.com/p...
-
@18a72b24bee6 很明显你这是两套命名系统，不是什么基因蛋白的原因。
非模式生物本生烟草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 转录组
AnnotationHub中没有本生烟草数据库，只好自己构建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先参考非模式生物富集分析[https://mp.we...
-
不知道你是怎么有LOC的，我不知道它和Nib的对应关系。换你用的Nib id的参考基因组重新分析吧，我也没有更好办法
非模式生物本生烟草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 转录组
AnnotationHub中没有本生烟草数据库，只好自己构建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先参考非模式生物富集分析[https://mp.we...
-
按照步骤即可
非模式生物本生烟草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 转录组
AnnotationHub中没有本生烟草数据库，只好自己构建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先参考非模式生物富集分析[https://mp.we...
-
差异分析存在许多含零的行 ｜ Deseq2DESeq2分析差异基因/ASV时，如果全部基因/ASV都存在0，那么将会因为几何平均数全部为0，导致估算sizefactor失败而报错。 因为默认的计算sizefactor...
-
ggplot2图例调成一列，终于找到了解决办法
有时图例较多，用ggplot2画图时候会出现图例占据图的半壁江山，想让图例排成一列，解决方法如下： guides(fill = guide_legend( ncol = 1,...
-
MicrobiotaProcess注意事项
qiime2类型文件：读入的feature不能太多，亲测47000多个feature消耗内存110G，导入好几个小时依然失败。而一万多的feature就大概一分钟就能正常读入...
-
为什么 BAM 文件 sort 之后体积会变小
测序数据比对结果 BAM 文件用 samtools 进行 sort 之后发现体积变小了...当时怀疑是不是 sort 过程中有一部分 reads 被丢弃了？于是统计了一下原始...
-
相信我，这是全网最详细的dplyr教程
R语言包 dplyr之常用函数 一、安装 我的环境：win10 64位。R版本：4.0 dplyr版本 :1.0.5或者使用packageVersion("dplyr")#...