写在前面 什么时候写 csvtk 呀，csvtk 也借鉴了些 datamash 的东西。 之前写 datamash 的使用教程，收到了一位读者的私信，内容如上。 话说这位读者...
IP属地：山西
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csvtk: 命令行版极简dplyr -
解决 Stringtie 基因重复定量的意外收获说明：因为平台限制和平台广告等原因，今后的文章将不在简书更新，请移步并订阅个人博客 说明：因为平台限制和平台广告等原因，今后的文章将不在简书更新，请移步并订阅个人博客 说明：...
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@风吹过94 Bam文件，Sashimi plot
转录组入门(6)： reads计数
前言 实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考...
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R里面怎么把%uxxx中的%u替换为\u
「答果子问」R语言如何提取特定的字符串
R语言如何提取特定的字符串 这个帖子是为了果子的一个提问 R语言能不能实现匹配括号里面的内容, 但是不包括括号 这个问题来自于他的一篇帖子有些GEO平台的探针转换比较麻烦, ...
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本号停更
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ChIP-seq分析全记录
一、背景知识 CHIP-seq染色体免疫共沉淀技术。是研究==细胞内DNA与蛋白质互作==就是将chip实验得到的dna拿来测序，再进行下游分析。关键在于Chip实验。 Ch...
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Ubuntu Server安装及配置下载准备 UltraISO下载，Ubuntu Server iso下载 启动盘制作 启动UltraISO，打开Ubuntu iso文件，写入硬盘映像 其他选项默认，便捷启动里...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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RNA-seq无比对直接定量(Kallisto - sleuth流程)RNA-seq数据下载 数据来自文献：An RNA-Seq transcriptome and splicing database of neurons, glia, and...
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Reanalysis of mouse ENCODE mRNA-seq前言 ENCODE项目团队发表在PNAS上的文章表示：通过数据分析基因的表达水平在同一个物种不同组织间的相似性比不同物种的相同组织还要高。这与之前的观念完全相悖，不同物种里主...
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转录组入门(8)： 差异基因结果注释前言 我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表达矩阵和分组信息分别作出...
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转录组入门(7)： 差异基因分析前言 转录组入门(7)： 差异基因分析这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voo...
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转录组入门(6)： reads计数前言 实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考...
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转录组入门(5)： 序列比对前言 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的r...
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转录组入门(3)：了解fastq测序数据前言 来源还是生信技能树。 需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！作业，理解测序reads，...
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转录组入门(2)：读文章拿到测序数据前言 本课程来源于生信技能树。 本系列课程学习的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA ...
