做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌生,今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代谢通路图,ko、map等开头的代谢图有啥区别?里面的点、线、不同颜色都代表什么含义。 KEG...
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一、基础知识 Cochrane图书馆是最权威的循证医学数据库 Cochrane系统评价的指导是按照《Cochrane Handbook for Systematic Revi...
大家好,今天开始新的内容,蛋白-蛋白互作网络(PPI),这里我会更3种方式完成PPI,分别是:string在线制作,Cytoscape软件、R供大家选择哦。 因为string...
😂这个40是我用来举例说明因子顺序这个问题的哈,和分析没有关系。modType=c(rep("normal",40),rep("tumor",40))design这里多打了一个design会报错的
13.GEO数据集的R语言差异分析和代码解析--2.差异分析一、举例回顾 本节下载GSE1009数据集,使用limma包进行差异分析举例。 GSE1009 样本量:共6个样本,其中后3个为糖尿病肾病(DN)肾小球样本,前3个为正常肾小...
小伙伴你好,这个有两种方法供你选择:第一种就是直接将你要分析的数据提取出来重新组成一个新的矩阵,这个矩阵就只有对照组和其中一种病人的数据了,用这个矩阵继续分析,和现在步骤就差不多。第二种如果你不想提取,也可以在模型那里提取,那么你在modType=c(rep("Control",3),rep("DN",3))这里开始,需要按照你的样本构建3个分组模型比如modType=c(rep("A",3),rep("B",3),rep("C",3)),在这里更改行名时需要改为你需要的行名:colnames(design) <- c("Control","DN","DKD")。在这里选择两个组比较时直接选择你要比较的两个组,比如改为cont.matrix<-makeContrasts(DKD-Control,levels=design)就可以了
13.GEO数据集的R语言差异分析和代码解析--2.差异分析一、举例回顾 本节下载GSE1009数据集,使用limma包进行差异分析举例。 GSE1009 样本量:共6个样本,其中后3个为糖尿病肾病(DN)肾小球样本,前3个为正常肾小...
@铁血黄嘉琪 你好,前面的图是用代码保存到文件夹,输出成PDF或png格式。这三个图没有让它直接输出, 我不知道你用的RGui窗口还是Rstudio,RGui的话会直接跳一张图片,Rstudio的图出现在右下方展示,都可以手动鼠标点击保存。但如果你不喜欢,也想用代码保存的话,就像前面一样保存成pdf等格式就行,比如柱状图代码:pdf(file="DO柱状图.pdf",width = 10,height = 7) barplot(erich.do, drop = TRUE, showCategory = 30) dev.off() 这样就和前面一样是直接导出在文件的。
16.DO富集分析R语言代码及图的绘制首先,向给我留言及私信的小伙伴们说一声抱歉,我这段时间太忙了,很久很久没登录简书,所以留言和私信都没回复,抱歉啦;我看着留言和私信的时间比较久远了,也不知道小伙伴们的问题有没...
来到简书平台已经有两年多了,在这里见证了我的生信入门之路。由于种种原因吧,萌生了创建自己的个人博客的想法。利用周末两天的时间摸索了结合hugo+github搭建个人博客的方法...
单细胞富集分析系列: 单细胞之富集分析-1:单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2:批量...
最近学习了生信菜鸟团的纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度,想复制作者的流程,但是发现了几个不一样的地方,所以重新整理流程,代码主要来自原作者Juan_NF。 文...
今天我们来聊一聊第一个公共数据库——GBD数据库,全称叫做global burden of disease(全球疾病负担),该数据库每年都会更新,目前已经更新到GBD2019...
Front Immunol 复现|1. GEO数据下载及sva批次校正(PCA可视化) 前几天有同学问了一篇文章里的一个方法的实现,看了一下这篇文章除了qPCR验证基本都是纯...
感谢关注我的朋友们呀,我没有微信公众号,目前都是在简书上更新的; 大家都知道,在没有基础试验或者临床前瞻性研究的情况下,生信和人工智能是一个很不错的选择(发SCI); 着手这...
首先,向给我留言及私信的小伙伴们说一声抱歉,我这段时间太忙了,很久很久没登录简书,所以留言和私信都没回复,抱歉啦;我看着留言和私信的时间比较久远了,也不知道小伙伴们的问题有没...
导 语 在日常学习或工作中经常会使用线性回归模型对某一事物进行预测,例如预测房价、身高、GDP、学生成绩等,发现这些被预测的变量都属于连续型变量。然而有些情况下,被预测变量可...
前言 越来越多开发者表示,自从用了Python/Pandas,Excel都没有打开过了,用Python来处理与可视化表格就是四个字——非常快速! 下面我来举几个明显的例子 1...
通常来讲,real-time qPCR的反应程序不需要像常规的PCR那样,要变性、退火、延伸3步。由于其产物长度在80~150 bp之间,所以只需要变性和退火就可以了。 SY...
常用的方法是2^-△△Ct方法计算。Cq=Ct,两者是一个 意思。本文主要讲述内容: 2^-△△Ct的计算方法参考资料:1文献2-△△Ct=2-[(处理组Cq-内参cq)-(...
做完转录组分析之后,一般都要求做qRT-PCR来验证二代测序得到的转录本表达是否可靠。荧光定量PCR是一种相对表达定量的方法,他的计算方法有很多,常用的相对定量数据分析方法有...
CCK8数据主要是统计OD450的吸收值,一般的数据形式如下,保存为csv格式 加个P值,调整坐标,适当美化 首先预统计看下结果 结果还不错,添加显著标志 细节地方AI处理一...