做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌生，今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代谢通路图，ko、map等开头的代谢图有啥区别？里面的点、线、不同颜色都代表什么含义。 KEG...
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5分钟看懂KEGG代谢通路图
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18.PPI制作（1）大家好，今天开始新的内容，蛋白-蛋白互作网络（PPI），这里我会更3种方式完成PPI，分别是：string在线制作，Cytoscape软件、R供大家选择哦。 因为string...
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😂这个40是我用来举例说明因子顺序这个问题的哈，和分析没有关系。modType=c(rep("normal",40),rep("tumor",40))design这里多打了一个design会报错的
13.GEO数据集的R语言差异分析和代码解析--2.差异分析
一、举例回顾 本节下载GSE1009数据集，使用limma包进行差异分析举例。 GSE1009 样本量：共6个样本，其中后3个为糖尿病肾病(DN)肾小球样本，前3个为正常肾小...
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小伙伴你好，这个有两种方法供你选择：第一种就是直接将你要分析的数据提取出来重新组成一个新的矩阵，这个矩阵就只有对照组和其中一种病人的数据了，用这个矩阵继续分析，和现在步骤就差不多。第二种如果你不想提取，也可以在模型那里提取，那么你在modType=c(rep("Control",3),rep("DN",3))这里开始，需要按照你的样本构建3个分组模型比如modType=c(rep("A",3),rep("B",3),rep("C",3)),在这里更改行名时需要改为你需要的行名：colnames(design) <- c("Control","DN","DKD")。在这里选择两个组比较时直接选择你要比较的两个组，比如改为cont.matrix<-makeContrasts(DKD-Control,levels=design)就可以了
13.GEO数据集的R语言差异分析和代码解析--2.差异分析
一、举例回顾 本节下载GSE1009数据集，使用limma包进行差异分析举例。 GSE1009 样本量：共6个样本，其中后3个为糖尿病肾病(DN)肾小球样本，前3个为正常肾小...
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@铁血黄嘉琪 你好，前面的图是用代码保存到文件夹，输出成PDF或png格式。这三个图没有让它直接输出，
我不知道你用的RGui窗口还是Rstudio,RGui的话会直接跳一张图片，Rstudio的图出现在右下方展示，都可以手动鼠标点击保存。但如果你不喜欢，也想用代码保存的话，就像前面一样保存成pdf等格式就行，比如柱状图代码：pdf(file="DO柱状图.pdf",width = 10,height = 7) barplot(erich.do, drop = TRUE, showCategory = 30) dev.off() 这样就和前面一样是直接导出在文件的。
16.DO富集分析R语言代码及图的绘制
首先，向给我留言及私信的小伙伴们说一声抱歉，我这段时间太忙了，很久很久没登录简书，所以留言和私信都没回复，抱歉啦；我看着留言和私信的时间比较久远了，也不知道小伙伴们的问题有没...
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单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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疾病负担研究（GBD）介绍今天我们来聊一聊第一个公共数据库——GBD数据库，全称叫做global burden of disease（全球疾病负担），该数据库每年都会更新，目前已经更新到GBD2019...
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Front Immunol 复现|1. GEO数据下载及sva批次校正(PCA可视化)Front Immunol 复现|1. GEO数据下载及sva批次校正(PCA可视化) 前几天有同学问了一篇文章里的一个方法的实现，看了一下这篇文章除了qPCR验证基本都是纯...
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17.关于文章更新的安排和诊断标志物SCI文章思路解释
感谢关注我的朋友们呀，我没有微信公众号，目前都是在简书上更新的； 大家都知道，在没有基础试验或者临床前瞻性研究的情况下，生信和人工智能是一个很不错的选择（发SCI）； 着手这...
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16.DO富集分析R语言代码及图的绘制首先，向给我留言及私信的小伙伴们说一声抱歉，我这段时间太忙了，很久很久没登录简书，所以留言和私信都没回复，抱歉啦；我看着留言和私信的时间比较久远了，也不知道小伙伴们的问题有没...
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如何利用R语言实现logistic逐步回归导 语 在日常学习或工作中经常会使用线性回归模型对某一事物进行预测，例如预测房价、身高、GDP、学生成绩等，发现这些被预测的变量都属于连续型变量。然而有些情况下，被预测变量可...
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再见了Excel，我有Python了！
前言 越来越多开发者表示，自从用了Python/Pandas，Excel都没有打开过了，用Python来处理与可视化表格就是四个字——非常快速！ 下面我来举几个明显的例子 1...
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同科生物为您介绍qPCR常见问题及分析
通常来讲，real-time qPCR的反应程序不需要像常规的PCR那样，要变性、退火、延伸3步。由于其产物长度在80～150 bp之间，所以只需要变性和退火就可以了。 SY...
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RT-qPCR结果的计算
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qRT-PCR相对定量计算详解做完转录组分析之后，一般都要求做qRT-PCR来验证二代测序得到的转录本表达是否可靠。荧光定量PCR是一种相对表达定量的方法，他的计算方法有很多，常用的相对定量数据分析方法有...
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