NiKasu

一、举例回顾 本节使用GSE1009数据集，已经用limma包对数据集中的样本进行差异分析，现对差异基因(DEGs)做GO富集分析。 GSE1009数据集介绍： 样本量：共6...

Hayley笔记

单细胞GSEA分析需要的文件有两个：1. 单细胞基因表达变化数据（两列，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目标基因集（...

Hayley笔记

单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...

小鱼爸

9. 细胞注释Annotation 为了更好地理解数据并利用现有知识，弄清楚数据中每个细胞的“细胞身份”非常重要。根据已知（或有时未知）的细胞表型标记数据中的细胞群的过程称为...

百奥智汇

细胞类型注释 CellTypeAnnotation 单细胞数据通常以二维“图谱”的形式呈现，由于细胞异质性，聚类后的细胞群被命名为cluster0,1,2,3…需要对其进行注...

cc的生信随记

双细胞是指由于实验原因，在单细胞微流控等流程中某个液滴中含有2个及以上的细胞，而在同一个液滴中的细胞在后续分析中带有相同的Cell Barcode，从而会被认为是一个细胞的伪...