有很多伙伴，都在进行基因组的组装，但是具体需要干什么，从什么地方开始，下一步又应该做什么?并不是很了解。我用下面一份流程图来简单的说一下，整个基因组组装应该做些什么。也是我组...
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怎么去进行基因组的组装 -
hicPro+EndHiC(二)染色体挂载
EndHic 想比较HiC-Pro，EndHic的安装就简单很多，就是下载即可用 EndHiC的安装 要用到的脚本都在文件夹下，直接调用就行 怎么使用呢？不得不说一下，git...
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启动子分析（顺式作用元件预测）（一）在基因家族分析和候选基因的确定过程中，我们都会遇到需要查看promoter区域顺式作用元件的时候。所以今天就给大家分享一下，什么对启动子进行分析和结果的展示 1、提取基因pr...
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启动子分析（顺式作用元件统计和展示）（二）1、结果处理plantCARE_output_PlantCARE_******.tab的文件为结果文件，对其进行简单的过滤处理，将第二列中空白和unname的部分进行过滤，最...
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sam/bam文件详解
介绍sam 文件是Sequence Alignment/Map Format的简写，产生于比对之后的数据输出，记录了比对的具体情况。是我们在生物信息学习和操作过程中经常遇到的...
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如何在Windows10上安装linux（Ubuntu系统）第一步：打开电脑设置------更新与安全-------开发者选项 第二步：打开电脑设置------应用与程序------程序与功能------启动或关闭Windows功能-...
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基因家族分析（保姆级教程二------鉴定）
太久没有更新了，最近忙着组装好几个基因组，后面我也会吧基因组组装的一些东西分享出来哦~那就步入正题吧，我们在前面准备好了数据之后，就可以开始鉴定所需要的基因家族成员了，这样才...
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PP2PG(Phasing pipeline based on two parental genomes)这个软件好像都没有什么人用哎~但是我今天用上了，为什么会用上呢，还不是在KB的组装那个三倍体的基因组，为了区分测序回来的那么那么多的reads都是属于谁家的！！！！对于这个软...
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DupGen_finder安装及使用
串联复制(Tandem duplication) ：串联复制主要发生在染色体重组区域，串联复制形成的基因家族成员通常紧密排列在同一条染色体上，形成一个序列相似、功能相近的基因...
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verkko(一个刚更新的基因组组装软件)可以实现T2T级别的组装
verkko 和hifiasm比起来，慢很多，因为它有canu部分Verkko is a hybrid genome assembly pipeline developed ...
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HiCUP(Hi-C User Pipeline)软件介绍 HiCUP是一个处理由Hi-C和捕获Hi-C（Capture Hi-C，CHi-C）产生的测序数据的流程，用于对HiC数据进行质控（QC）并得到报告。 软件的安装 ...
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这个安装是要先进行conda安装好依赖的环境之后,再在环境里面去编译软件吗?
hicPro+EndHiC(一)染色体挂载
使用hicPro+EndHiC两个软件，对我们组装得到的contig数据进行染色体的挂载，得到我们所需要的scaffold水平的基因组文件。首先对HiC数据进行分析，得到En...
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flye的使用（基因组组装）
软件介绍 Flye 是一种用于单分子测序读数（如 PacBio 和牛津纳米孔技术公司生产的读数）的从头组装器。它适用于各种数据集，从小型细菌项目到大型哺乳动物级组装。该软件包...
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hicPro+EndHiC(一)染色体挂载
使用hicPro+EndHiC两个软件，对我们组装得到的contig数据进行染色体的挂载，得到我们所需要的scaffold水平的基因组文件。首先对HiC数据进行分析，得到En...
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