二更~corrplot我觉得有一点不好就是改变不了图的纵横比，其他一流 1. 构建相关系数矩阵 2. 构建P值矩阵 3. corrplot绘制相关系数热图 最终结果
发简信
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corrplot非对称相关系数热图 -
TF-DEG网络构建参考：https://www.jianshu.com/p/3b9eee8c31cc[https://www.jianshu.com/p/3b9eee8c31cc]优雅R：「W...
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cytoscape就可以~
可变剪接文章套路（一）
PSI值：（再翻墙找一下答案） PSI ( Percent-spliced-in，拼接百分比)可以针对isoform, exon, ASE 进行计算，对于ASE来说， PSI...
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RBP AS生信流程（N）cytoscape构建RBP调控可变剪接网络输入文件：1.RBP与AS相关性文件allcorResult.txt： 2.节点属性文件nodeType.txt（构建方法在脚本提取节点名.R里）： 方法：将allcorRe...
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我用的是GSE46224这个数据集，readLength是101
RBP AS生信流程（ 四）rMATs
rMATs rMATs运行： 在rMATstest这个文件夹里有官网下载好的2x2测试文件： 用samtools查看bam文件： 可以看到第三列为1，代表1号染色体（这里是1...
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实例讲述bioMart包的用法
bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口，能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库这个·包可以做以下几个工作1.查找某个基因在染色体上的位置。反之，给...
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RBP AS生信流程（附）课程AS事件整理从数据库下载的文件为PSI_download_STAD.xlsx： 第一列是基因名字，第二列是数据库给的id，第三列为可变剪接类型，后续把三列统一为一列。4-10列为基因可变...
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RBP AS生信流程（五）RBP定量和AS事件相关性featurecounts的输出文件 查看featurecounts输出文件： 第一行是运行代码，第一列为基因名，第七列为每个基因上的count数，现在要舍去第一行，并只保留...
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RBP AS生信流程（ 附）软件安装
samtools 尝试了各种方法后，最后用conda install samtools安装成功 Piranha 安装参考http://smithlabresearch.org...
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RBP AS生信流程（三）定量RSEM软件 会生成基于基因的定量结果_rsem.gene.results和基于转录本的定量结果_rsem.isoform.results，isoforms.results中...
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RBP AS生信流程（二）STAR比对STAR比对 比对原理参考生信媛的文章：https://www.jianshu.com/p/16c938fd3bd6[https://www.jianshu.com/p/16...