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ReactomeGSA：高效的单细胞通路分析工具前情提要： SPATA：基因集驱动的空间转录组分析框架[https://www.jianshu.com/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集结果可视...
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单细胞数据拟时序分析-destiny单细胞数据分析常用到建立trajectory和pseudoTime，拟时序分析可以用 Diffusion（ Destiny R package） 给每个细胞添加注释信息，如这...
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SCENIC—Single Cell rEgulatory Network Inference and ClusteringSCENIC是一种基于单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具 这里介绍的步骤方法是针对在R环境中（GENIE3），主要是GENIE3/GRNBoost...
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WGCNA分析，简单全面的最新教程本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...
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10X单细胞测序分析软件:Cell ranger单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史---谁说的！ 说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了，说她段短暂是因为针对单细胞的分析工具越来越有意义开发周期却越来越短。一般生物...
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R及R包安装、更新、卸载、删除
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio，要更新library里所有包，一种方法是点击Tools，选择Check for Package Updates即可。 ...
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单细胞免疫组库数据分析||Seurat整合单细胞转录组与VDJ数据在做10X单细胞免疫组库分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘转录组，那么怎样才能把两者结合到一起呢？ 今天我们尝试用我们的趁手工具做一下整合分析。 首先是下载数据...
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Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz
常见错误： 说找不到Barcode文件，但明明存在Barcode： Error in Read10X() : Barcode file missing那很有可能是因为三个10...
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GEO数据分析中exprs提取表达矩阵，pData提取临床信息
关于用getGEO下载数据后，会得到一个list，取出第一个列表中的元素后，再查看这第一个元素的数据类型后，发现他是一个对象（"ExpressionSet"），然后我们就会用...
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转录组学基础——什么是RNA-seq当进行转录组学数据分析时，会发现有两种数据。一种被称为芯片数据（Microarray data)，另一种是下一代测序技术（NGS）得到的数据（eg，二代测序，三代测序）。 目...
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「R基础」如何读取大文件的部分内容在小丫画图交付的一个代码项目中，需要先从XENA下载一个表达量数据:https://toil.xenahubs.net/download/tcga_RSEM_gene_tpm...
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【R】1.R语言初入门——什么是R？如何下载R？什么是R？ 广义地定义，R是允许用户编辑算法并使用其他可编程工具的一种计算机语言。借助R你可以编写函数，进行计算，应用很多可获得的统计技术，生成简单或者复杂的图形，甚至编写你...
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
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TCGA / 癌症简称 / 缩写 / TCGA癌症中英文对照
TCGA数据库中含有的癌症名称，简写和中文名称 Abbr英文名称中文名称ACCAdrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌BLCABladder Urothe...
