GEOdatabase下载了一个.loom文件，想要用一下这个数据，折磨了一周，终于成功的将它转换成了seurat对象，现记录如下：数据为GSE162183，地址：https...
IP属地：湖南
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loom文件转换成seurat对象 -
Github代码上传# Github代码上传 # ## 打开Github,注册账号，创建新的项目 ## https://github.com/[https://github.com/] 进入主页...
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多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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scRNAseq || 堆叠小提琴图(StackedVlnPlot)的4种实现方式最近一直在学习单细胞方面的知识，无意中看到别人的帖子在分享如何画堆叠的小提琴图(StackedVlnPlot)，顺便就学习了一下。发现StackedVlnPlot图确实看...
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pheatmap函数error
用pheatmap函数在Linux系统上画图 输入数据格式：如下 p2=pheatmap(marker,cluster_cols = T,cluster_rows = T,c...
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R basic 学习笔记(Ⅰ)
1.获取帮助-最重要的学习技能 1.1 ?函数名/help('函数名') #获取函数帮助 1.2 help.search('字符/短语') #获取单词或短语的帮助文件 1.3...
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单细胞T-cell 文章锦集（做ppt用）张泽民老师课题组单细胞系列文章观看顺序指南 下面是同期收集单细胞Tcell 的文章，以飨读者。 SnapShot: T Cell Exhaustion T cells: th...
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单细胞转录组亚群分析
作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：angelica 引言 在上一篇文章单细胞转录组(Single cell RNA)概述，我们对单细胞转录组进行了简单的介绍及其分析必备所需矩阵的获...
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R--去重unique ; duplicated，根据某一列的重复值，去除该重复值所在的整行
unique 语法 unique(x, incomparables = FALSE, fromLast = FALSE,nmax = NA...)x 可以是向量、数据框、数组...
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中山大学中山医学院-基础医学博士在读<br>欢迎关注个人公众号<br><br>公众号：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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2020-07-29 centos上挂载U盘
1.获得管理员权限sudo -i #获得管理员权限的用户fdisk -l #查看u盘设备 u盘位置通常在最下面以sdb或者sdc开头的设备里，我的系统下在sdc中的sdc1 ...
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喜欢写代码的外科医生。
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2020-07-07 单细胞数据.h5文件转换成seurat对象
第一步：从GEO数据库下载.h5文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM3892578 第二步:Rs...
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刘小泽学习组合多个单细胞转录组数据刘小泽写于19.10.8前几天单细胞天地推送了一篇整合scRNA数据的文章：使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本这次根据推送，再结合自己的理解写一...
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单细胞测序（scRNA-seq）通关||数据处理必知必会单细胞转录组数据分析系列教程 sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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桑基图在单细胞数据探索中的应用什么是桑基图 桑基图（Sankey diagram），即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，比较适用于用户流...
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强烈推荐 10 款珍藏的 Chrome 浏览器插件Firebug 的年代，我是火狐（Mozilla Firefox）浏览器的死忠；但后来不知道为什么，该插件停止了开发，导致我不得不寻求一个新的网页开发工具。那段时间，不少人开...
