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    Windows下ChIPseq/DAPseq从测序数据到Peak Calling ~ TBtools 实例教程

    写在前面 关于 ChIPseq/DAPseq 数据分析,前面有推送过两三波。早前,我也推过一个 TBtools 的 MACS2 GUI Wrapper 插件,支持在 Wind...

  • GEO数据挖掘基本流程与代码

    写在前面:本文内容出自生信技能树的生信入门系列课程笔记,感谢小洁老师、Jimmy老师的分享。 GEO数据挖掘分析思路:1.找数据,找到GSE编号2.下载数据(表达矩阵、临床信...

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    12.GEO数据集的R语言差异分析和代码解析—1.数据下载和整理

    一、举例介绍 本节下载GSE1009数据集,使用limma包进行差异分析举例。 GSE1009 样本量:共6个样本,其中3个为糖尿病肾病(DN)肾小球样本,另3个为正常肾小球...

  • R包安装设置清华镜像的三种方法

    更新了Rstudio后,出现 出现这个问题是镜像没有设置好 一、首先,用命令行设置镜像 二、其次,在Rstudio里面,Tool--Global Options--Packa...

  • 零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)

    医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言?[https://www.zhihu.com/question/432353982]如何学习R语言[https://www...

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    转录组分析——利用GEO数据挖掘构建基因表达图谱

    一、前言 前段时间主管让我在GEO数据库弄个表达图谱,准备接下来做各种转录组分析,现在回过头来,觉得这个东西比较简单,十分适合上手练习。思考了一下,决定写下来分享给大家。注意...

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    【生信技能树】2020-01-08作业:GEO挖掘标准流程分析GSE27447

    题目出自【生信技能树】公众号文章:2011年的表达芯片分析和2019年的区别要求:走GEO标准分析流程分析GSE27447 代码主要复制于Jimmy大佬的github:htt...