这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制 -
那你expressed_matrix<-as.data.frame(expressed_matrix)再试试？
Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 'row.names'的长度不对
作为生信菜鸟，某天运行代码，出现如下错误： 运行如图代码出现错误。明明跟着老师来，为啥会出错呢？百度： 有个解答如下：R语言&Python GEO DataSets多个Ser...
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你好大大，想请问一下methyAnalysis是怎么安上的，我用代码安，下tar.gz文件手工安，linux直接解压然后拉到r包文件夹里，所有办法都试过了，都不行。没见过这么难安的包
RRBS差异甲基化分析流程（更新版）
本文接bismark上游分析：https://www.jianshu.com/p/9f6939d1588a下文主要是：1、找到差异甲基化区域；2、注释差异甲基化区域 对DMR...
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你好，请问一下数据长什么样子呢？
LEfSe寻找组间差异细菌
导读 前面介绍过网页版LEfSe的使用方法：用LEfSe寻找组间差异细菌[https://www.jianshu.com/p/35e3f725c554]。今天学习命令行版的L...
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请问一下大大，理化因子数据是送测序的时候公司给的吗？我是自己下载网上的数据分析的，只有16s原始测序数据，其他什么都没有
微生物多样性qiime2分析流程(9) 数据可视化分析(中）之绘制相关性热图
前面介绍了微生物多样性如何整合数据并进行了基础可视化分析，现在让我们开始进行更加深入的相关性分析和差异分析（相关性热图，RDA，CCA，Lefse） 1. 相关性热图 一般我...
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“otu_taxa.table.xls 中包含OTU丰度信息及注释信息”。
可是大大你之前的代码没有整理出来otu_taxa.table.xls，分析到这我卡住了微生物多样性qiime2分析流程(8) phyloseq整合已有OTU数据进行分析
前面一系列文章介绍了如何通过qiime2处理原始数据，进行聚类注释及可视化分析，但是现实中小伙伴们已经得到了处理好的OTU表及注释文件，那怎么基于此来进行后续分析呢？由于qi...
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大大，没有ggtest这个包啊，我上bioconductor官网也没找到，r里面用bioc安装也没有
一行代码绘制物种组成图
为什么要写这篇文档，昨天在教一个朋友做数据可视化发现即使是16s分析中一个简单的物种组成图对新手来说也是挺难的，数据的导入，过滤，格式转换等；这一番操作是实在是繁琐，曾经有大...
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大大你好，我想请问一下qiime1得到的注释文件怎么转换成taxonomy.qza文件呢？两者是同样的东西吗？因为我还在参考你的其他教程，其他教程里需要用到的是taxonomy.qza文件。
微生物多样性qiime2分析流程(7) 运用blast比对方法对16s数据进行注释
前面介绍了如何使用qiime2训练特征分类器对16s数据进行分类注释，但是由于其占用内存较高，个人电脑难以运行，现在介绍如何利用blast比对的方法进行数据注释。参考：htt...
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大大你好，我想请问一下注释结果大概跑了多久呢？你是多少个样本呢？
Qiime2 (七)-物种组成分析
1. 下载 / 训练 物种注释分类器 或者 2.物种注释 gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza:物种注释分类器taxonomy.qza: ...
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bismark甲基化测序数据（WGBS、RRBS）处理流程傻瓜教学-bismark前期准备对自己这段时间魔鬼式修行linux的总结因为自己是小白，所以写了小白也能看懂的傻瓜教程（第一次写教程，有错还请大佬们指出） 1、数据下载 bismark要求fastq的数据格...
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安装Aspera Connect工具下载sra数据
比较悲催的是现在下不了，查了很多没有找到解决办法 加上一个端口参数 -P 33001，貌似可以下载了（今天2019.5.23晚上在摸索下） 一、下载安装Aspera Conn...
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使用RTCGA等包获取TCGA数据
参考来源：生信技能树 友情链接： 课程分享生信技能树全球公益巡讲（https://mp.weixin.qq.com/s/E9ykuIbc-2Ja9HOY0bn_6g）B站公益...
