2016年夏，我进入到Genentech公司进行实习，这是一家在南旧金山的世界上最大的生物制药公司。公司在2009年被罗氏收购，目前是罗氏在北美的研发总部。Genentech...
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在世界顶尖制药公司实习是一种怎样的体验
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2019年，我在斯坦福一年后，离开了学术界
2019年第一天，我载着大宝和豆包以及剩余家当从洛杉矶搬到湾区。我们住的房子，由于客厅住着房东，常年是不开灯的，我们需要摸黑走过狭长的走道，到达自己的墙壁已经有些斑驳的房间。...
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用conda来安装大部分python/R/JAVA的软件包
昨天发现了神器multiqc来整合分析一个目录下所有文件的quality control结果，今天来试着装了一下。 然后又发现了conda这个使得生活更美好的package ...
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ChIP-Seq/ATAC-Seq/DNAse-Seq的一站式质量控制和分析流程这两天在总结标题中三种组学方法的分析流程，看到了ENCODE在去年公开的分析流程，感觉像捡到了宝贝一样。一个分析流程是针对ChIP-Seq的，包括转录因子和组蛋白修饰，链接在...
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RNASeq的分析流程软件
之前一直用的是Tophat + Htseq-count + Deseq2的分析组合来做rnaseq的回帖，确定基因表达量，以及做差异基因的分析。 但是，tophat已经是比较...
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用GOsemsim包来比较不同gene或者gene set之间的相似性
有时候会有这样的分析需求，拿到两个基因，或者两个基因list，虽然它们是不同的基因的，但是可以提一个问题，它们之间的功能注释上有没有相似性呢？ 特别是，我以前比较两个基因Li...
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用clusterprofiler包来做基因富集性分析
Gene ontology enrichment analysis可能是现在生物信息学里面最常用的分析。以前我一般都是用DAVID这个在线工具来做。但是用DAVID有三个主要...
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生物信息学常用的R语言包
org.Hs.eg.db This is a package for genome-wide annotation for human, have entrez ID, en...
