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Jupyter Notebook代码补全插件nbextensions安装错误问题
安装过程 (cmd环境) 1.install jupyter_contrib_nbextensions 因为默认地址下载速度超慢，所以使用-i https://pypi.mi...
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是说三款软件的分析结果差异大是吗？ @yanmou 确实确实，取交集还是更靠谱
limma、DESeq2、edgeR差异分析及绘制韦恩图
不同的时空以及不同的条件下差异基因分析是RNAseq分析的重要目标。差异表达分析方法包括：基于Read数目：DESeq、limma和edgeR；基于组装技术：Cuffdif和...
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转录组差异分析流程三大R包比较总目录： 数据预处理 limma包进行差异分析 edgeR包进行差异分析 DESeq2包进行差异分析 三大R包比较 1.输入数据比较 edgeR: 原始的count矩阵，支持...
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@yanmou 真是不好意思喔，现在才回复，经过这几天的检查我发现可能是我之前做差异分析或者定量的时候结果存在一定的问题，如果解决了前面的问题应该就能做到大部分重合，到时候我会及时更新，很抱歉，在前面的步骤中没有及时检查结果文件。谢谢你的提醒。但是好像画韦恩图一般用于确定感兴趣的某个基因是否在交集内，如果是为了找差异基因，用deseq2做就可以了叭。
limma、DESeq2、edgeR差异分析及绘制韦恩图
不同的时空以及不同的条件下差异基因分析是RNAseq分析的重要目标。差异表达分析方法包括：基于Read数目：DESeq、limma和edgeR；基于组装技术：Cuffdif和...
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是说三款软件的分析结果差异大是吗？
limma、DESeq2、edgeR差异分析及绘制韦恩图
不同的时空以及不同的条件下差异基因分析是RNAseq分析的重要目标。差异表达分析方法包括：基于Read数目：DESeq、limma和edgeR；基于组装技术：Cuffdif和...
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@巴拉巴拉11 对结果的解读确实没有，我只是以其中一个样本为例展示了定量的结果，可视化和画图的话在我的主页中有一篇文章是画了散点图的，针对三款不同的定量软件进行结果的比对，单独针对salmon的可视化分析倒是没有，不过感谢你的提议，我会完善相应的部分的。
Salmon快速定量转录本
set index --keepDuplicates :默认设置中去除冗余的序列一致性转录本，该参数保留输入文件中的冗余转录本并单独计数-t:转录本fasta文件(这里用的是...
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你是说差异分析吗？
Salmon快速定量转录本
set index --keepDuplicates :默认设置中去除冗余的序列一致性转录本，该参数保留输入文件中的冗余转录本并单独计数-t:转录本fasta文件(这里用的是...
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limma、DESeq2、edgeR差异分析及绘制韦恩图不同的时空以及不同的条件下差异基因分析是RNAseq分析的重要目标。差异表达分析方法包括：基于Read数目：DESeq、limma和edgeR；基于组装技术：Cuffdif和...
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不同定量软件的结果比对提取 分别用rsem,kallisto,Salmon定量得到每个样本isoform的定量文件,提取了transcript_id一列和count一列,并且增加了序号列,使得每个...
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小姐姐，我想请教你一个问题：我用了几款不同的软件做isoform的定量，然后用deseq2分别对得到的定量结果做转录本表达的差异分析，就是想比较一下这几款软件定量的准确度，那我该看什么指标呢？
bioinfo100 —— 第35题 RNA-Seq 数据的定量之RPKM和FPKM
https://zhuanlan.zhihu.com/p/50811365 Hello大家好！好久不见了！ 之前手头上一直有很多事情，因此咱们的生物信息学100个基础问题（B...
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想请教作者一个问题：我用了几款不同的软件做isoform的定量，然后用deseq2分别对得到的定量结果做isoform表达的差异分析，就是想比较一下这几款软件定量的准确度，那我该看什么指标呢？
一文学会常规转录组分析
数据来源：Cytosolic acetyl-CoA promotes histone acetylation predominantly at H3K27 in Arabid...
