在分析TCGA数据库里的RNA-seq数据之前，先了解一下TCGA样本的id名称里的小秘密：参考文章：TCGA的样本id里藏着分组信息 根据文章里的内容，我查看了前一篇文章里...
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TCGA的差异基因分析 -
GEO数据库视频学习笔记（ID转换）上一篇笔记记录了如何下载芯片数据（GEO数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）），这篇笔记继续跟着视频学习，视频地址：here （一）如何从对象里提取表达矩阵 如果你要...
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RNA-seq(6): reads计数，合并矩阵并进行注释任务 1.实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。2.需要用脚本合并所有的样本为表达矩...
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RNA-seq练习 第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）参考基因组下载有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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简书笔记汇总
以下是我简书里所有的文章链接，按不同的专题分类，方便大家根据不同专题以及文章题目快速的查看所需内容。 持续更新中~ Linux学习笔记 《Linux命令行与shell脚本编程...
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RNA-seq分析：从软件安装到富集分析详细过程
RNA-seq分析简洁版[https://www.jianshu.com/p/72c871663e62],用重新下载的肝癌数据[https://www.ncbi.nlm.ni...
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基因组重测序数据分析脚本
生成的文件说明： 1.~/Process/fastqc_result 用于存放质量评估的结果2.~/Process/trim_out 用于存放过滤的结果3.~/Process...
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基因组数据的重测序分析我通过查资料获得已知达松维尔拟诺卡氏菌亚种（cardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei）的基因组原始测序序列，我想知道这个亚种与达...
