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使用transanno制作不同基因组版本坐标映射的chain 文件？不同基因组版本的位置（坐标）对应关系，在数据分析环节经常用到。 位置对应关系通常通过比对来获取，而信息一般存储在chain文件中[https://www.zxzyl.com/...
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tpm也是相加吗
基因的FPKM等于各转录本FPKM之和
基因和转录本定量hppRNA STAR-RSEM-Ebseq 流程的四个样本 gene FPKM： gene_idKO1KO2Con1Con2DAG1139.31112.86...
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【画图】pheatmap多图组合1. 解决问题 在进行多图绘制的时候，用cowplot::plot_grid函数进行多图组合，结果在多图组合的时候，别的ggplot画图的对象没有任何问题，但是pheat...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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关于SNP的过滤（3）：如何从NGS生成高质量的SNP数据集？
背景知识 随着高通量测序方法的出现，大量DNA序列可以应用于SNP的发现。这些数据中SNP的识别依赖于计算方法。它们取决于您是否对种系或体细胞突变感兴趣。往往它们通常将序列与...
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“如果你的数据是覆盖率比较低的，一般将它设定为 100. 其他一般的数据将它设为平均覆盖度的三倍。”楼主你好，想问下这个怎么理解啊，低深度的数据DP不应该是设置更小一点比较严格吗
关于SNP的过滤（3）：如何从NGS生成高质量的SNP数据集？
背景知识 随着高通量测序方法的出现，大量DNA序列可以应用于SNP的发现。这些数据中SNP的识别依赖于计算方法。它们取决于您是否对种系或体细胞突变感兴趣。往往它们通常将序列与...
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2022-10-10 samtools分析测序基因组的depth和coverage
对基因组测序完成后，我们经常需要统计测序深度（depth）和对基因组的覆盖率（coverage） 这两个概念有时候不太好区分，有时coverage也表示测序深度x. 我们用s...
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覆盖度你没说
测序数据的深度、覆盖度等计算
Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错？1.常用HiC挂载软件 ALLHiC张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组，肯定是首选。对于简单基因组，我跑了下，结果不佳。提了issue，张老师...
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生信 | 基因组组装实战（六）：基因组质量、一致性、保守性、LAI等评估写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.基因组组装指标评估 为什么...
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生信 | 三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Hi-C原理简介 1.1 ...
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生信小工具：bedtools的使用(2)
bedtools "merge" 许多基因组特征的数据集具有许多彼此重叠的个体特征（例如来自ChiP seq实验的对象）。将多个有重叠的序列组合成单个连续的序列通常对下游很有...
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SV VCF格式的说明及转换不同的结构变异（structural variation，SV）鉴定工具鉴定出的VCF结果文件格式不尽相同，但也不是完全没有规律可循，主要的格式就有两种，分别是： BND n...
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今天安了一晚上，差点火大
R语言安装包时遇到的坑
写在前面 安装R包报错的问题从一开始学生信就一直存在着，但是没有专门整理一下，前两天安装 CHIPseeker 的时候实在受不了了，因为碰见了好多坑，于是在这里专门整理一下，...
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在上面toplevel的基础上，排除了单倍型或基因组补丁区域。如果看到目录中不存在这种类型的数据（比如这里果蝇就没有，而人类的基因组数据就存在），那么就意味着基因组不包含单倍型或基因组补丁区域，其实也就是等同于TOPLEVEL
出处。这段话咋理解啊，楼主关于参考基因组和注释
常用的参考基因组数据库： 1、Ensembl 是由European Bioinformatics Institute（EBI）与Wellcome Trust Sanger I...
