最近有好多学弟学妹来问我关于京东管培的事儿呀，就趁着TET14的号角还没有完全吹响做一波TET13京东管培的面试Review。2019年兜兜转转，几乎把所有上海和杭州听说过名...
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京东TET管培全流程面经吐血整理
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计算WGS/WES/panel捕获效率/覆盖度的方法有哪些
WGS, WES, or targeted sequencing数据分析的时候，经常需要计算全基因组整体的平均测序深度或者 target 区域的覆盖度，从而考察试剂盒的捕获效...
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👢[linux]根据一串ID批量提取另外一个文件的指定行一、待解决问题 A文件如下所示。tip:ID列指的是图中带红框的那列,A大小73.1MB、B大小约1GBimage.png B文件是从网上下载的注释文件"GCF_000001...
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bcftools：根据染色体提取vcf中的信息
根据染色体提取vcf中的信息： bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_...
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使用bcftools view 拆分vcf格式文件首先看一下bcftools view用法 我们重点关注Subset 和output选项 我们仅使用-o -O -s -S 这四个选项 -o 输出为标准的vcf文件，如果输出...
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生物序列搜索算法的进化
这是我上的生物信息学课前三周主要学习的一篇文章，自己进行了全文翻译。本来应该在实验室做实验的我，现在却只能在宅在家里摸鱼学习，一周两节网课约等于没课，简直是愉快地荒废了整个学...
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matplotlib 画图的相关设置：坐标轴刻度字体、大小等
导入包 设置坐标轴范围 设置坐标轴名称、字体、大小 设置坐标轴刻度、字体、大小 标题、字体、大小 图例、字体、大小 设置xtick和ytick的方向：in、out、inout
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[pyecharts1.7] 坐标轴设置：X轴、Y轴通用
本文档（以及pyecharts使用手册中的其他文档）将会持续更新。 有些内容标记为待更新的，有时间我会补充上。个人精力有限，优先发布在公众号上，有兴趣的可以关注一下哈：微信公...
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Python中matplotlib模块plot用法，实现绘画折线，点状等图前序 在用Python做数据分析的时候，难免会遇到把数据整理成图表，如柱线图，折线图，饼图等。这里介绍 折线图/点状图 简单用法。 1. 语法 2. 简单用法 3. plot...
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CUT&Tag数据分析笔记（2）在开始笔记之前我只想吐槽一下，官网里这一部分的代码错的离谱！！！各种报错报的我怀疑人生。。。 第四节 比对结果过滤和文件格式转换 （一）利用比对质量过滤比对上的【可选步骤】 ...
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理解SAM文件格式以及过滤sam文件RNA-seq或者ChIP-seq等等测序的上游分析流程里的比对步骤相信大家都知道，我之前也只是按照各种教程去走流程，并没有仔细的研究过每一步的内容。今天这篇文章学习一下sa...
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暂别简书，后会有期
我不是老师，也不是大神，更不是前辈。我只是个普通的科研工作者，一个只想努力变得更好的人。 来到简书快3年了，期间写了不少的笔记。很多的笔记是在疫情严重时wfh的时候写的。至今...
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Mapping Ion Torrent Data used Novoalign
Mapping Ion Torrent Data used Novoalign What：比较Novoaligin和TMAP程序在比对Ion Torrent数据时的准确性 W...
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测序深度和测序覆盖度，怎么估算？在我们开始测序之前，经常会被问道，你需要的测序深度和测序覆盖度的概念，比如在测序线粒体的DNA时候，测序小哥就问说1个G的数据量够了吗？下面就给大家解释下这两个概念： 测...
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重测序分析
重测序：是对已对已知基因组的物种进行测序，去挖掘不同个体和群体之间的差异性。 重测序分析内容： SNP，INDEL, SV , SNV 进化分析，群体结构： LD,FST 分...
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我的ChIP-Seq(2): cutadapt/fastp/Trimmomatic 过滤软件选择过滤软件的比较与选择：cutadapt/fastp/trimmomatic 注：还没有完全搞明白，先总结一下特点和使用，之后再慢慢体会、总结经验本次只针对双端PE算法都没好好...
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Seqkit小工具处理序列、提取序列IDSeqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。 优点1.能够非常全面的处理fasta/q文件，运行速度超快的序列工具...
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基础——illumina测序原理与细节（以RNA-seq为例）目前我们主要分析的数据还是二代测序的数据，也就是大家经常挂在嘴边的 NGS，而这其中最大的赢家应该算是 illumina 测序公司了，其经典的边合成边测序（sequencin...
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bamdst: bam文件深度统计
下载安装 git clone https://github.com/shiquan/bamdst.gitcd bamdst/make 使用 先看看example/里面有些啥 ...
