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SNP数据构建系统进化树大概是长期的不锻炼使得今天的爬山运动过量了，接着悲剧就是无法入眠。也幸亏明天是周日，干脆就起床码字了。总结下自己前面用snp构建系统进化树的方法吧。 1.构建进化树的算法 构...
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困扰的batch effect一、什么是批次效应 批次效应（batch effect），表示样品在不同批次中处理和测量产生的与试验期间记录的任何生物变异无关的技术差异。批次效应是高通量试验中常见的变异来源...
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遗传学 博士研究生在读
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比起原文少了些关键的判断，建议看原文
R语言机器学习-caret
介绍 caret包（Classification and Regression Training）是一系列函数的集合，它试图对创建预测模型的过程进行流程化。本系列将就数据预处...
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methylKit 统计方法
methylKit可以用来寻找DMR/DMC，其统计方法如下： logistic regression Fisher exact test 有重复时methylKit调用 l...
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GSEA相关笔记整理网页上关于GSEA富集分析的教程很多，对自己这个生信小白来说比较简单通俗易懂的当数生信宝典和生信技能树的教程了。感谢大佬们的付出。下面是自己整理的个人学习笔记，可能有理解不对...
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Gene body甲基化
开花植物中可根据甲基化富集的区间将基因分为五类： UM（umethylated genes）在gene body上三种甲基化context都不富集 gbM（gene body...
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搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列在准备NGS文库的时候，会有用到转座酶Tn5，Nextera DNA Library Preparation Kit ，比如ATAC-seq就有用到这个Tn5。转座酶携带有特...
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使用 edgerTMM 算法对 bw 文件的均一化并且根据 bigwig 文件和候选区域 bed 文件用 R 绘制热图链接来源 一切版权来源参考链接：此处只是用来记录和不能出去的情况。 Tutorial: Normalization of BigWig files using TMM fro...
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什么时候可以毕业ಥ_ಥ
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转座子的基本概念了解分类 转座元件，是一种跳跃基因，是指一段DNA序列由基因组的一个位置跳跃到另一个位置，由Barbara McClintock教授在大约五十年前发现。转座子主要包含两种类型：一...
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我不知道，自己可以走多远；但不努力奔跑，一定走不远1. 昨天在图书馆，被坐在对面的留学生问：“are you tired?” 听到这个问题的那一瞬间，我竟不知道怎么去回答。 可能在旁观者的他看来，这个女生已经将近半个月都没有...
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植物：<br>细胞遗传<br>系统进化<br>wudandan90@163.com
