陈洪瑜

雷达图绘制 （1）ggplot2简约版雷达图 library(ggplot2) dt = data.frame(A2 = c(0, 3.33, 3.25, 2.29, 0,2...

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基因家族生物信息学分析 （1）基因家族分析概述 旁系同源基因 基因家族可通过基因复制进行物种特异性扩增，主要有染色体片段复制、串联复制和反转录子转座等三种形式，可能导致功能丢...

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基因组注释主要包括四个方面： 重复序列识别 序列比对方法 RepeatScout、LTR-finder、Tendem Repeat Finder、Piler、Repe...

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在基因组注释中第一步就是重复序列的屏蔽，目前常用的从头注释pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker。 1. 软件安装 RepeatMask...

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在基因组注释中，预测基因结构是最核心的一环，在众多的从头预测软件中，augustus应用较广。但是由于安装过程依赖软件较多，如果没有管理员权限一般不要轻易尝试，有兴趣可以参考...

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WGCNA rm(list = ls()) #加载R包 library(WGCNA) library(tidyr) library(ggplot2) library(grid...

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edgeR 主要是利用了多组实验的精确统计模型或者适用于多因素复杂实验的广义线性模型。 前者叫做“经典edgeR”， 后者叫做”广义线性模型 edgeR“。 定义的read数...

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单细胞转录组测序方法详解 1 Smart-seq2（扩增全长转录组） 通过ployT抓取，只能检测mRNA。 Smart-seq2步骤: 1通过ployT抓取，加入SMART...