参考: [1]. Durand, N.C., et al., Juicer Provides a One-Click System for Analyzing Loop...
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参考: [1]. Durand, N.C., et al., Juicer Provides a One-Click System for Analyzing Loop...
Structure分析当然最经典的软件就是STRUCTURE。但Structure分析还有其他软件可以选择: ADMIXTURE、FRAPPE。这两个软件的运行速度都大大超过...
「文献」多倍体植物基因组测序组装当前策略 文献地址: Current Strategies of Polyploid Plant Genome Sequence Assemb...
这一部分承接 从零开始学CIRCOS绘制圈图(四),对之前的布局进行调整,使结构更加适合于发表。 染色体的位置顺序 默认情况下是会显示所有的染色体,而且会先从ath1到ath...
在从零开始学Circos绘制圈图(一)我们已经绘制出一个比较丑的circos图,这一部分是讲解一些细节。 这一部分会从上一步的两个文件开始,分别是 karyotype.tai...
这一篇会在 从零开始学CIRCOS绘制圈图(二)基础上开始在circos绘制基因密度信息。为了保证一致性,可以新建如下几个文件 circos.conf: karyotype....
一般基因组文章都会有下面这种酷炫图,用来描述基因组的基因密度分布,转座子的密度分布,和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系,以及其他各种你只要测序就能加上的信息,比如...
从获取下机数据做质控、比对,到calling snp获得vcf文件这一步,网上已经有非常详细的教程,有GATK4.0和全基因组数据分析实践(上),还有Samtools+bcf...