发简信
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snn，knn都是差不多基于graph，我下面评论链接里有这些所有的那个教程
单细胞学习3
cluster 不同聚类方法比较 normmlization，去除一些批次效应等外部因素。通过对表达矩阵的矩阵的聚类，对细胞群体进行分类。 无监督聚类：hierarchica...
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R数据可视化7:气泡图 Bubble Plot“气泡图”这个名字听着就很可爱是不是！今天让我们来看看这个气泡图长什么样，可以展示什么样的数据，以及如何用R作图。 什么是气泡图 气泡图（Bubble Plot）就是由一个个...
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本科毕业于浙江大学，硕士毕业于复旦大学，浙大读博ing。<br>如果没有及时回复可以发送邮件：jlyq617@gmail.com
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trim_galore的--rrbs修剪报告显示R1有额外trim2bp，但是R2并没有trim额外2bp是为什么呢？
RRBS数据分析（一）
1、RRBS简介 RRBS即reduced representation bisulfite sequencing：第一步：使用MSPI内切酶处理，其识别序列是CCGG，切完...
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如果你需要我回答你的问题我的生物信息学技能基本上都是自学的，在刚开始的阶段我也和大部分的人一样，会遇到很多问题，然后想着去一些群里提问希望得到解答，当然结果也是和大部分人的一样，问题不会得到答案。 ...
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初入职场的生信猿，喜欢折腾代码整点有意思的东西
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您好，我想用公司加入的oligo序列来计算转化率和氧化效率。把oligo.fa和genome.fa合并之后，bismark构建索引然后比对，想从比对完的bam中提取比对到合并后的oligo序列的reads（samtools view a.bam chrOligo > chrOligo.bam)，再计算C和C+T情况，但是发现没有提取出reads。是因为oligo长度60bp太短不好匹配上吗？
DNA甲基化分析（二）----如何计算甲基化转化率？
Pre: 这是一篇填坑的笔记，需要结合上一篇bismark的学习笔记一节来看。上一篇bismark学习笔记见-------->https://www.jianshu.com/...
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关于TCGA（癌症基因组数据集）使用指南The cancer genome atlas(TCGA)数据库储存20多种癌症的基因组数据，作为生信喵少不了要下载上面的数据来分析。写篇文章介绍一下，也加深自己的印象。 T...
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临床生物信息学中的GWAS分析今天要分享的是一本合集Clinical Bioinformatics临床生物信息学实验指南中的第五章Bioinformatics Challenges in Genome-W...
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sc-RNA数据分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis
这本详细的书提供了最先进的计算方法，以进一步探索由单细胞技术带来的令人兴奋的机会。每一章都详细介绍了一个计算工具箱，旨在克服单细胞分析中的特定挑战，如数据规范化、罕见细胞类型...
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10X 单细胞基因表达样本制备指南单细胞转录组学是阐明复杂生物系统的一种强大工具，让您能够逐个细胞地研究基因表达动态。通过生成细胞群体的单细胞图谱，单细胞RNA测序(scRNAseq)能够解析复杂样本中不同类...
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医学生物信息学文献第2期：肿瘤微环境
肿瘤内刺激树突状细胞(SDC)在刺激细胞毒性T细胞和诱导抗肿瘤免疫反应中起着重要的作用。了解调节它们在肿瘤微环境(TME)中的丰度的机制可以揭示新的治疗机会。作者发现，在...
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single cell marker 基因数据库在单细胞转录组测序中一个重要的方面就是定义聚类得来的cluster，一个思考的方向就是根据marker基因来定义cluster的细胞类型（cell type）。怎样才能建立c...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
