DESeq2进行数据标准化的命令有多种 counts(dds, normalized=T) rlog、VST 两者的区别在于 前者 are “only” library-si...
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使用DESeq2标准化之后的数据进行PCA、聚类等可视化
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理论 | DESeq2 normalized counts -- Median of ratios method在做基因差异表达分析时，经常会用DESeq2这个包，但一直没有深究其分析的统计流程。因此，在这里记录一下DESeq2校正基因表达的方法 -- 比率中值法。 开篇明义，比率中值...
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R语言处理基因芯片测序得到的SNP数据的一个简单小例子~进化树和PCA最终拿到的数据格式如下 第一列是探针id 第二列是染色体编号 第三类是染色体位置 第四列是第一个样本的基因型 接下来依次是每个样本的基因型 相当于是每行是一个位点，每列是一个...
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细菌全基因组测序数据构建SNP系统发育树
本次分析使用到的数据及数据处理流程参考文献“https://doi.org/10.1186/s13756-018-0352-y[https://doi.org/10.1186...
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差异分析完的基因列表，可以这样画KEGG通路差异分析完以后，就有了基因列表和差异倍数，有了这两个东西，就可以用clusterprofiler做GSEA，然后有了pathview包的话，就可以可视化KEGG通路 怎么做G...
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14.GO富集分析R语言代码及5种图的绘制一、举例回顾 本节使用GSE1009数据集，已经用limma包对数据集中的样本进行差异分析，现对差异基因(DEGs)做GO富集分析。 GSE1009数据集介绍： 样本量：共6...
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2021-01-15TCGA|GEO可视化分析第2篇---KEGG|GO分析大全 沉迷工作的我[https://www.jianshu.com/u/82c2c57a3f59] 导读：之前讲了如何...
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R | GO富集结果描述太长怎么办？问题描述 近期在使用clusterProfiler的GO/KEGG富集结果进行绘图时，注意到一些条目的描述过于长，需要增加图片的宽度才能看到中间bar/dot的信息。利用DO...
