Human cell atlas, HCA：https://data.humancellatlas.org/[https://data.humancellatlas.org/...
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可能是最全的单细胞数据库汇总（2023更新版本）
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R绘图(4): 散点图添加相关系数/回归方程
属于比较常用的技巧。下面我用ggplot2内置数据集进行演示： 先来看一下，仅有散点和拟合线的图 如果想添加拟合的方程，可以使用ggpmisc包的stat_poly_eq()...
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ggplot散点图加相关系数计算一组数据有没有相关性以及相关程度时，可以使用cor()，以及cor.test()计算显著性，如下所示，我们想计算这两种花的长度有没有相关性。 我们可以手动将计算的相关系数...
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第2周：RNA-seq数据分析最佳实践原文来源：Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, et al. A survey of best practices for RNA-seq da...
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maSigpro建模代码分析之make.design.matrix前言 之前我们介绍了maSigpro的基本建模方式：分析时间序列的RNA-seq tool[https://www.jianshu.com/p/ad76dcfdf840]，这...
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【陈巍学基因-4】单细胞DNA测序
欢迎关注公众号：oddxix 自从二代测序技术出现，把一次实验测许多条DNA序列的这个难题解决之后，一次把一个人的全基因组给测出来，最极限的情况，就是样本量就是少到一个细胞，...
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55-caret包学习：预处理函数1、创建虚拟变量 caret包通过model.matrix()、dummyVars()或其他方式将因子转换为虚拟变量。dummyVars()可用于从一个或多个因子变量生成一个...
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58-caret包应用简短实例Caret包(即Classification And REgression Training的缩写)，包含简化复杂的回归和分类问题模型训练过程的功能。 1、导入数据并分割数据...
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57-caret包支持训练的模型及其参数列表
来源：http://topepo.github.io/caret/available-models.html 模型method 值类型依赖包调优参数AdaBoost Clas...
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56-caret包学习：模型训练与调优1、模型训练与参数优化 在进行建模时，需对模型的参数进行优化，在caret包中其主要函数是train。一旦定义了模型和调优参数值，就应该指定重采样的类型。目前，k折交叉验证重...
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54-caret包学习：数据分割与可视化1、caret包简介 caret是(Classification And REgression Training)的缩写，该函数集试图简化创建预测模型的过程，包括的工具如下：...
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一起看文献吧-菜鸟团一周文献推荐(No.5)
文章题目：Understanding and predicting disease relationships through similarity fusion 文章链接：...
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R语言机器学习-caret介绍 caret包（Classification and Regression Training）是一系列函数的集合，它试图对创建预测模型的过程进行流程化。本系列将就数据预处...
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scale函数默认对每一列（样本）内部归一化？
请问一下，scale到底是对每一个样本进行标准化，还是应该对每一个基因进行标准化，感觉您这边好像写错了？单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵
转载来自：刘小泽 链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7[https://www.jianshu.com/p/e659a2f164...
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ggtree学习 第一章2：树文件的操作原文链接： 2 Manipulating Tree with Data[https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter2.html...
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ggtree学习 第一章：树文件的输入、输出和操作原文链接《 Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Trees[https://yu...
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单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵转载来自：刘小泽 链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7[https://www.jianshu.com/p/e659a2f164...
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R语言基础入门(11) summarise汇总数据
本节来介绍dplyr中的重要函数count，summarise，group_by count count 统计观察次数 也可以在一个count()语句中添加多个变量 summ...
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【批次效应】combat现在其实已经有很多处理批次效应的方法，有基本基于中心值和方差调整的，也有的利用神经网络，或者机器学习（例如cell-blast的生成对抗网络）的方法的。 下面这个研究比较了6...
