前两天遇到了一个小问题：初步注释细胞发现，使用RenameIdents后细胞类型的levels与我想要的排序不符。例如，我实际得到的level为: cancer_cell1 ...
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seurat对象中细胞identity的获取、设置与操纵
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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seurat-ScaleData()源码解析一、ScaleData()简介 单细胞基因表达counts矩阵数据经过NormalizeData()归一化处理后，还需要进行scale标准化。ScaleData()[http...
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Seurat之细胞周期评分1. 细胞周期背景介绍 细胞周期(cell cycle)是指细胞从一次分裂完成开始到下一次分裂结束所经历的全过程，分为间期与分裂期两个阶段。在细胞周期过程中，细胞的遗传物质复...
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GPL17586、GPL19251和GPL16686平台芯片ID转换
原文载于生信技能树我写此文是为了致敬生信技能树团队！感谢他们无私分享！ 以下是生信技能树学员笔记投稿 芯片分析中经常会遇到Affymetrix Human Transcrip...
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Lazygit的安装与使用。
使用LazyGit来管理你的项目。 Git的强大是所有开发者都心知肚明的事情，但是其多样的命令令人很是难受。不过在Github上有着这么一个开源项目lazygit。 Lazy...
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2.2 愉快写文档：VSCode + Markdown Preview Enhanced本章导航： 1. 介绍 MPE。 2. 简要介绍几个十分好用的 MPE 的功能。 使用电脑环境：Windows10。本章主要参考 MPE 官方中文文档。 3.1 Markdo...
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高通量测序中，read、contig和Scaffold分别是什么
1.什么是Reads? 高通量测序平台产生的序列就称为reads。 2.什么是Contig？ 拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重...
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一文看懂三代组装软件——Flye
作者：童蒙编辑：angelica 一、介绍 Flye是用于单分子组装数据的denovo基因组装的软件。这个软件可以用于各种数据集，从小的细菌到大的哺乳动物。 输入是原始的Pa...
