2020-7-22 在上一篇中遇到了这个指标，最近很火，拿来详细写一下~ 1.HRD检测 1）BRCA1/2突变检测：只检测BRCA1/2基因会存在HRD漏检的问题（漏检约3...
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同源重组缺陷评分（HRD）
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transvar坐标转换
有时候我们拿到变异位点的基因组坐标之后，往往想看它的转录本坐标或氨基酸坐标以便跟已知变异位点进行比较，transvar就可以轻轻松松实现坐标转换。举例如下： Deletion...
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三 docker 容器基本命令
1、查看当前运行容器docker ps2、启动、查看容器标准输出docker run -v computer_dir/:docker_dir/ wes/bedtools:2....
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二docker镜像基本命令
1、列出本地镜像docker images2、下载镜像docker pull ubuntu:latest其中 ubuntu代表镜像名，latest代表版本号3、进入镜像doc...
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【Docker】快速入门之Docker基本概念、Dockerfile构建、repository镜像共享、volume挂载、容器通信network、docker-compose、layer cac...docker是方便项目环境部署的虚拟化技术，每个docker容器有自己的文件系统和网络接口。本文将参考官网文档[https://docs.docker.com/get-sta...
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一docker基本概念对于生信人员来说，最头疼的应该算是更换计算资源了，这就意味着你之前流程的所有软件环境都需要在新的服务器上重新部署一次，真是费时又费劲。而docker的出现则很好帮我们解决了这...
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@zhaoqianyi 是，但需要转换
【三维基因组】TAD分析软件—InsulationScore
Insulation Score是由dekker实验室开发的，软件路径（https://github.com/dekkerlab/cworld-dekker） 分析原理 总结...
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transvar变异坐标转换 - Linux篇坐标转换困境 一些公开发表的论文中及很多数据库中经常提到变异，一般变异的表现形式有三种：1）基因组坐标：2）cDNA 坐标；3）蛋白氨基酸坐标。举个例子TP53上的某个变异的...
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四R 4.1 docker 构建
R包的安装往往令人头疼，总是会遇到各种各样的问题，虽然conda 安装R，使得R包安装有了些许方便，但有些时候 conda更改了真正的环境路径，导致R包需要的一些包经常出现找...
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混合基因组是怎么得到的呀 refdata-cellranger-GRCh38-and-mm10-3.1.0
10X V(D)J实战
文献 Generation and function of progenitor T cells from StemRegenin-1–expanded CD34+ huma...
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【单细胞转录组】获取 monocle2 branchpoints我们知道monocle2 最重要的一个分析是对分支进行差异分析（如下图） 经典的教程总是： 那如果我的分支并非只有一个而是多个，我怎么批量化分析呢？（如下图） 也就是说如何在...
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使用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...
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10xGenomics单细胞转录组--细胞核mRNA分析需求 由于某些特定的环境，可能老师能够得到完整的细胞核，得不到完整的细胞，但是又想研究其细胞的单细胞转录组，就只能用细胞核进行10xGenomics单细胞转录组分析；或者...
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单细胞交响乐1-理解scRNA常用的数据结构SingleCellExperiment刘小泽写于19.10.26-27，更新于2020-06-23，最近会继续整理这本资料为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合分析单细胞数据，...
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基因突变检测之Mutect2写在前面的话 今天是2021年1月3号，年底一番瞎忙活，停更了好长一段时间的简书。人生中有个很重要伯乐导师告诉我，在这个事多的工作环境下，没人愿意看你太多的废话。直奔重点才是...
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【生信基础】conda 安装R和R包
conda 安装R环境，主要命令如下： conda 创建R环境 2.激活创建的环境,后面安装的包和软件都会在此环境中进行 3.安装所需要的包 4.关闭此环境 安装完R环境后，...
