在我前面写过的如何批量下载TCGA里的数据(gdc-client方法)文章里,只涉及了如何批量下载TCGA数据,但是对于下载下来的那些文件没有整理。为什么呢?因为我懒。。。凡...
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如果你下载了TCGA数据库里的count数据,想把它转换成FPKM应该怎么做呢?参考文章:1.Htseq Count To Fpkm 2.【原创】R语言实战:read cou...
根据文章生信菜鸟团:一文学会WGCNA分析所讲: WGCNA输入数据的准备,主要有两个数据需要提前准备好:(1)是表达矩阵, 如果是芯片数据,常规的归一化矩阵即可。如果是转录...
有的时候我们用ggplot2画了图,比如说散点图,那么如何在一堆点里标出我们关注的点呢? 比如:我想把后两列用散点图表示出来,那么: 如果想改变点的形状,这里是数字对应的形状...
本篇代码参考文章:1.生信菜鸟团:一文学会WGCNA分析2.WGCNA(加权基因共表达网络分析)3.WGCNA分析,简单全面的最新教程4.WGCNA实战练习5.STEP6:W...
Entrez是一个检索系统,供人们访问NCBI里各个数据库。比如说:PubMed, GenBank, GEO等等。你可以通过网站来搜索你想要的内容:https://www.n...
练习需要的数据在这里下载:https://github.com/NBISweden/excelerate-scRNAseq/blob/master/session-traje...
使用BLAST通常可以分成2个步。这两步都可以用上Biopython。第一步,提交你的查询 序列,运行BLAST,并得到输出数据。第二步,用Python解析BLAST的输出,...
第四讲:Removal of confounding factors由于这一讲并不是每个人都用的上(我就用不上。。。),是关于单细胞测序实验设计中的混杂因素的去除。所以我就听...