在我前面写过的如何批量下载TCGA里的数据（gdc-client方法）文章里，只涉及了如何批量下载TCGA数据，但是对于下载下来的那些文件没有整理。为什么呢？因为我懒。。。凡...
IP属地：北京
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整合gdc-client批量下载的文件 -
如何把从TCGA下载的HTseq count转换成FPKM如果你下载了TCGA数据库里的count数据，想把它转换成FPKM应该怎么做呢？参考文章：１．Htseq Count To Fpkm ２．【原创】R语言实战：read cou...
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如何生成WGCNA分析所需的临床表型信息根据文章生信菜鸟团：一文学会WGCNA分析所讲： WGCNA输入数据的准备，主要有两个数据需要提前准备好：（１）是表达矩阵， 如果是芯片数据，常规的归一化矩阵即可。如果是转录...
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如何在散点图里添加特定标签有的时候我们用ggplot2画了图，比如说散点图，那么如何在一堆点里标出我们关注的点呢？ 比如：我想把后两列用散点图表示出来，那么： 如果想改变点的形状，这里是数字对应的形状...
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WGCNA学习笔记本篇代码参考文章:1.生信菜鸟团：一文学会WGCNA分析2.WGCNA（加权基因共表达网络分析）3.WGCNA分析，简单全面的最新教程4.WGCNA实战练习5.STEP6:W...
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Biopython学习笔记（四）访问NCBI Entrez数据库Entrez是一个检索系统，供人们访问NCBI里各个数据库。比如说：PubMed, GenBank, GEO等等。你可以通过网站来搜索你想要的内容：https://www.n...
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单细胞轨迹推断（Trajectory inference）分析（详细代码）练习需要的数据在这里下载：https://github.com/NBISweden/excelerate-scRNAseq/blob/master/session-traje...
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Biopython学习笔记（三）Blast使用BLAST通常可以分成2个步。这两步都可以用上Biopython。第一步，提交你的查询 序列，运行BLAST，并得到输出数据。第二步，用Python解析BLAST的输出，...
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Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（四、五）第四讲：Removal of confounding factors由于这一讲并不是每个人都用的上（我就用不上。。。），是关于单细胞测序实验设计中的混杂因素的去除。所以我就听...