实验中经常需要从基因组中提取、序列用于设计引物，或者进行基因功能研究等，之前看到别人使用的一个脚本，自己拿来用一下，感觉确实很方便 在网站[http://hgdownload...
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根据基因名称批量提取基因序列 -
数据库 | 基因组注释导读 从网上收集的一些数据库信息，方便学习查看： VFDB PHI TCDB Swiss Prot Pfam GO eggnog-mapper: KEGG/COG/KOG/G...
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五. 基因组共线性分析-基于MCscanX一. 简介 MCScanX是由福建农林大学唐海宝老师参与开发的基因组共线性分析软件，发表至今引用数200以上，相关概念和算法参考文献如下： Tang H, Bowers J ...
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使用python从cds或蛋白质fasta文件中提取最长转录本
提取最长转录本是一个常见的功能,本脚本会生产两个文件maxpep文件为仅含有最长转录本的fasta文件,maxpep.list为最长转录本的列表原文件格式如下,这是其中一个基...
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如果gff文件出错，如何矫正基因结构注释文件？什么？基因注释文件出错？ 往下看！ 有时候在做进化树+结构域这种组合图时，会发现偶尔有个别基因的结构域与同一基因家族的其他成员相比，会出现“缺胳膊短腿”的情况。 比如下面这种...
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TBtools | 多图合一至强版教程！进化树 + Motifs + 结构域 + 启动子 + 基因结构 + ....放一张效果图，这些，三四年前的东西，我其实一直懒得说。 写在前面 “Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的...
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什么是转座子/转座单元？
转座子是一类在细菌染色体、质粒或噬菌体之间自行移动的遗传成分，是基因组中一段特异的具有转位特性的独立的DNA序列。最简单的转座子除专座相关的转座酶外不含有其他功能，称为插入序...
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生物信息学数据库及在线工具汇总
核酸数据库 NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/...
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(史上最全)SNP位点与转录因子结合特异性数据库：GVATdb
众所周知，全基因组关联分析（GWAS）发现的很多变异位点基本为非编码，这些变异位点1）要么调控基因表达（eQTL）; 2）要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子（TF）结...
