240 发简信
IP属地:山西
  • 120
    GenomeWideSNP_6.cdf GenomeWideSNP_6.birdseed-v2.models

    最近在做Affy的SNP 6 芯片家系数据做连锁分析,找家系的致病性基因,拿到的是 *.CEL 文件,然后用MERLIN做连锁分析,在准备ped文件时,需要用到每个mark...

  • Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函数解析

    在用Seurat包做多样本整合的时候,我们通常采用两种方式:(1)merge的方式(2)FindIntegrationAnchors的方式整合这里我们来解析一下FindInt...

  • 120
    单细胞测序分析: Seurat 使用教程

    原文见Seurat - Guided Clustering Tutorial, Compiled: April 17, 2020 #1 Seurat安装 #2 数据下载 Pe...

  • 120
    单细胞转录组流程一:安装运行cellranger及结果解读

    单细胞分析流程之Cell Ranger 相信做单细胞的小伙伴对Cell Ranger这个软件都不陌生,我们今天就来了解一下Cell Ranger的安装和使用方法。Cell R...

  • 120
    Pysam BAM操作

    SAM/BAM/CRAM files class pysam.AlignmentFile filepath_or_object 既可以是 文件路径,也可以是文件对象; 如果输...

  • 如果能加上具体的步骤就更好了

    基于facets软件的WGD计算

    参考文献:Genome doubling shapes the evolution and prognosis of advanced cancers 参考文献:Differ...

  • 建议美式里面加点糖,好喝

    徒手学习facets CNV分析结果

    Copy number variation analysis - facets facets 是存储在 GitHub 上的R包。 factes 的开发基于 ASCN(all...

  • 你这头像真像个当官的

    ggplot利用两个不同的数据框进行作图

    参见我的Kaggle Notebook:https://www.kaggle.com/xiujudu/ggplot[https://www.kaggle.com/xiujud...

  • 你好,文中说 * 表示模糊碱基,有点不太合适。pileup官方文档中的意思是,发生deletion后,后面的行中会用 * 代替,也就是说如果某一行有 * ,表示该碱基以及该碱基前面的一些碱基(同一条read上)是发生deletion了。

    Number of reads covering this position.
    Read bases. This encodes information on matches, mismatches, indels, strand, mapping quality, and starts and ends of reads.
    For each read covering the position, this column contains:

    If this is the first position covered by the read, a “^” character followed by the alignment's mapping quality encoded as an ASCII character.
    A single character indicating the read base and the strand to which the read has been mapped:
    Forward Reverse Meaning
    . dot , comma Base matches the reference base
    ACGTN acgtn Base is a mismatch to the reference base
    > < Reference skip (due to CIGAR “N”)
    * */# Deletion of the reference base (CIGAR “D”)
    Deleted bases are shown as “*” on both strands unless --reverse-del is used, in which case they are shown as “#” on the reverse strand.

    If there is an insertion after this read base, text matching “\\+[0-9]+[ACGTNacgtn*#]+”: a “+” character followed by an integer giving the length of the insertion and then the inserted sequence. Pads are shown as “*” unless --reverse-del is used, in which case pads on the reverse strand will be shown as “#”.
    If there is a deletion after this read base, text matching “-[0-9]+[ACGTNacgtn]+”: a “-” character followed by the deleted reference bases represented similarly. (Subsequent pileup lines will contain “*” for this read indicating the deleted bases.)
    If this is the last position covered by the read, a “$” character.

    生物数据格式 - pileup

    格式 pileup格式描述了染色体上每个位置的碱基信息, 可以用来 SNP/indel calling, 也可以直接用眼睛看一下排列的情况。 pileup文件格式如下: pi...

  • 留下了什么洞?

    判断GEO芯片数据表达矩阵是否需要log2转换

    通过exprs函数获取表达矩阵后我们可以通过以下三种方法判断是否需要进行log2转换 1.肉眼识别 最简单粗暴的方法就是,根据数值大小粗略估计:如果表达量的数值在50以内,通...

  • R语言读写R格式文件2021.2.24

    1、读取R格式文件 1.1 读写RDS格式文件 1.1.1 导出RDS文件 1.1.2 读取RDS文件 直接双击已有的RDS文件,用Rstudio打开即可,会自动出现这样的代...

  • 120
    ggplot2中坐标轴由大到小反向显示

    利用ggplot2画图,有时候需要把x/y 轴按照数值由大到小反向显示,用 xlim() 、ylim() 就行了,示例如下:

  • 看了你这一篇,还是不够,还得看其他的

    GitLab使用教程,看这一篇就够了

    引言 之前公司代码的管理不统一,一部分人用SVN,一部分人用Git,对于习惯了使用Linux或者Mac命令行的人来说,Git的操作更方便和快捷,和小伙伴商量了一下把整个代码管...

  • 这是解决什么问题

  • @Seurat_ 我是说你的配图中,du -sh 统计的是目录的大小是2G

    linux查看文件大小哦

    4k 和2G是一个文件 G是碱基数量 而不是物理内存

  • 运行失败:

    Traceback (most recent call last):
    File "C:/Users/../cc.py", line 16, in <module>
    data = xlrd.open_workbook(r'E:\works\..\mm.xls')
    File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\xlrd\__init__.py", line 170, in open_workbook
    raise XLRDError(FILE_FORMAT_DESCRIPTIONS[file_format]+'; not supported')
    xlrd.biffh.XLRDError: Excel xlsx file; not supported

    python3 Excel转txt

    使用场景: 每次都是点一下Excel表格链接,调到浏览器中,内容数据也多,这种机械的活,对于程序员来说,能省则省。 最后的结果: 附上代码:

  • 2G是文件大小,怎么跟碱基数量攀上关系了???

    linux查看文件大小哦

    4k 和2G是一个文件 G是碱基数量 而不是物理内存