关于查找motif，目前有很多种软件可以进行预测。我所在的实验室通常使用FIMO（MEME套件里的一个），但是有很多文献里也提到了HOMER这个软件，并且不乏一些影响因子很高...
IP属地：湖南
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利用HOMER预测目标序列的motif（从运行程序到结果解读，以及注意事项） -
bigwig转bed文件
bigwig转bed文件首先需要将bigwig转为wig文件 利用BEDOPS的 wig2bed]将wig文件转 bed文件 参考：https://bioinformatic...
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比较bigwig文件的相似程度bigwigCompare是Deeptools组件中的一个，可以（通过比对上的reads）比较两个bigWig文件的差别。 必须参数有--bigwig1，--bigwig2和...
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StatQuest学习笔记24——RPKM FPKM TPM
前言——主要内容 这篇笔记是StatQuest系列笔记的第63节，这篇笔记跳过59节，60节，61节主要是因为第63节的内容是讲RPKM，FPKM和TPM这几个概念的区别，在...
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转录组定量后计算FPKM
1、安装GenomicFeatures 但是报错了。 解决办法进入C:\Users\xiejinghe\Documents\R\win-library\4.0删掉00LOCK...
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基因的FPKM等于各转录本FPKM之和
基因和转录本定量hppRNA STAR-RSEM-Ebseq 流程的四个样本 gene FPKM： gene_idKO1KO2Con1Con2DAG1139.31112.86...
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featurecounts的使用说明官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient general purpos...
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计算FPKM、TPM以及FPKM to TPM之前已经简单学习了测序raw counts的FPKM标准化[https://www.jianshu.com/p/302300b7d782]，接下来就一个实际例子，利用R语言手...
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meme suite —— Motif分析百宝箱（二）
作者：snail审稿：童蒙编辑：amethyst 介绍 Motif Discovery中还包括MEME-ChIP，可对ChIP-seq或CLIP-seq数据的DNA序列进行一...
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Motif分析百宝箱（一）
作者：snail审稿：童蒙编辑：amethyst What's Motif? 模体（Motif）是指序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式；与转录因子、组...
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GATK4流程学习之背景知识与前期准备GATK4流程学习之背景知识与前期准备 - 简书[https://www.jianshu.com/p/97e803755fa6]GATK4流程学习之DNA-Seq varia...
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Bismark软件使用入门
作者：马可菠萝 童蒙编辑：angelica 一、甲基化文库建库原理 借助重亚硫酸盐（Bisulfite）转换的方法被认为是金标准，该化学试剂会将未甲基化的C进行转化，胞嘧啶（...
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2020-04-13 WGBS测序质控及分析记录
测序数据质控fastp genome preparation alignment bismark_deduplication picard_deduplication ext...
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Chip-seq分析流程以Targeting super-enhancer-associated oncogenesin oesophageal squamous cell carcinoma为例，...
