个人wx公众号：木舟笔记。
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ChIP-seq一小步，心肌肥厚lncRNA一大步参考文献：Targetingmuscle-enriched long non-coding RNA H19 reverses pathological cardiachype...
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2021-01-05重测序数据call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[https://www.jianshu.com/p/938d362fc48d]如何利用重测...
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一. 染色体不同区域基因表达水平可视化（bwa, samtools, bedtools, TBtools ）1. bwa index ref.fa; eg: $ bwa index Genome.fas; 2. bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > ...
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Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-5-发育谱系推断及可视化
刘小泽写于19.10.24笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索Smartseq2技术及发育相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
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跟着Nature Medicine学画图：R语言散点图组合频率分布图的简单小例子今天的推文内容来自论文 Clustering and superspreading potential of SARS-CoV-2 infections in Hong Ko...
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单细胞转录组学习笔记-7-重复平均表达量和变异系数相关性散点图转载来自：刘小泽 链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7[https://www.jianshu.com/p/e659a2f164...
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limma、DESeq2、edgeR差异分析及绘制韦恩图不同的时空以及不同的条件下差异基因分析是RNAseq分析的重要目标。差异表达分析方法包括：基于Read数目：DESeq、limma和edgeR；基于组装技术：Cuffdif和...
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RNAseq 完整操作流程以及后续例子操作2.软件以及流程以及代码： 本实验使用常规的Tophat2 比对 （1）样本制备、建库：总RNA ---> polyA富集mRNA ---> 打断 ---> 随机引物反转录成...
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（单细胞测序-SingleCell）Seurat流程文献复现单细胞项目：来自于30个病人的49个组织样品，跨越3个治疗阶段 Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Revealed...
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如何构建表达矩阵——RNAseq中游分析
中游分析这个词是我杜撰的，用来强调表达矩阵构建过程并不简单。 0 前言 前几天Jimmy老师发了一篇 我用这个技能一杯咖啡的功夫就挣了800块钱，讲了他帮一个粉丝从公共数据库...
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完整的单细胞分析流程——数据标化（normalization）
动机 通常在单细胞RNA测序数据中观察到文库之间测序覆盖率的系统差异。它们通常是由细胞间的cDNA捕获或PCR扩增效率方面的技术差异引起的，这归因于用最少的起始材料难以实现一...
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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris
往期系列 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一） Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二） Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三） Hemberg...
