Kraken软件可以通过序列对样本进行物种注释，kraken2在该软件基础之上做了一些更新，其中包括注释的加速、支持氨基酸序列的注释等其他特性。 软件安装、基本使用以及专有数...
发简信
IP属地：河北
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Kraken2建库及使用
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python正则表达式及re模块的使用
正则表达式使用一些既定的表达式来实现文本检索和其他字符串处理的功能，在python中，re模块可以使用正则表达式能够快速的提取目标文本、文本替换等操作。接下来就给大家介绍一下...
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核苷酸/氨基酸序列聚类去重Cd-hit
我们在分析测序数据或者下载数据库数据时，经常需要合并数据。期间不可避免的出现重复序列，为了减少减少后续资源的使用，更快速地分析数据，往往需要先对数据进行聚类/去重。这种类型的...
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NCBI的Remap工具停用随着测序技术的普及和组装技术的完善，物种基因组版本更新很快。如果我们手头的数据是使用老版本基因组分析的结果，可以使用现成的工具直接转换（转换会有一些失败和错误的风险）。之前给...
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@还不会写论文 这个不清楚，如果能用的话应该可以
基因家族数据库网站更新：pfam to InterPro
在基因家族分析中，通过pfam数据库检索获得已知基因家族的hmm模型(隐马模型)是必不可少的一步，最近发现pfam数据库有变动，和大家分享一下。 1. pfam数据库 pfa...
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@大冰1997 如果登录账户乐，并且可以保存之前修改的进化树，第二次登陆的时候可以从my tree里面选择需要修改的进化树就行。
进化树-itol上色美化
进化树或者系统发育树在微生物及群体结构分析中是很常见的分析条目。进化树构建有很多方法，结果也大体相似，但是最终呈现的形式确是多种多样的，今天给大家介绍使用itol进行进化树的...
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[基因家族鉴定] hmmsearch结果解读
在基因家族分析中，hmmsearch用来在很多候选序列中寻找具有某种基因家族结构域的蛋白。在寻找时，需要提供基因家族对应的隐马模型。前段时间给大家介绍了pfam数据库更新后h...
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基因家族数据库网站更新：pfam to InterPro在基因家族分析中，通过pfam数据库检索获得已知基因家族的hmm模型(隐马模型)是必不可少的一步，最近发现pfam数据库有变动，和大家分享一下。 1. pfam数据库 pfa...
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使用长读长测序reads进行基因组组装-miniasm
三代测序因为长读长的特点，在基因组组装方面有明显的优势。今天给大家介绍一款基因组组装软件，miniasm。该软件可用于Pacbio和ONT两个平台的数据组装，分析速度很快。 ...
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我是用haploview做的，可以先用其他软件确定block区间，缩小一下范围，然后用这个来画图。如果范围太大，用这个可能画不出来。连锁的话，相邻多个点数越大或者颜色越深连锁性越强
Haploview软件使用-连锁不平衡分析
当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡的状态。目前，连锁不平衡分析...
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@Cloudtop_a71a domain的那个
进化树-itol上色美化
进化树或者系统发育树在微生物及群体结构分析中是很常见的分析条目。进化树构建有很多方法，结果也大体相似，但是最终呈现的形式确是多种多样的，今天给大家介绍使用itol进行进化树的...
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blast本地比对输出结果
之前写过一篇如何使用blast+套件进行本地blast库的创建及比对，今天跟大家聊聊比对结果的输出格式。 比对命令 通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19...
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blast本地比对输出结果
之前写过一篇如何使用blast+套件进行本地blast库的创建及比对，今天跟大家聊聊比对结果的输出格式。 比对命令 通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19...
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@Cloudtop_a71a 给一个模块信息的文件就行，官网有模板下载
进化树-itol上色美化
进化树或者系统发育树在微生物及群体结构分析中是很常见的分析条目。进化树构建有很多方法，结果也大体相似，但是最终呈现的形式确是多种多样的，今天给大家介绍使用itol进行进化树的...
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最完整的人参考基因组
最近看了一篇人基因组组装的文章，和大家分享一下。 国际人类基因组测序协会在2001年发表了人类基因组草图，今天这篇文献2021年5月27由Telomere-to-Telome...
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@麦田里的守望者_98a5 这个命令不全吧，定位不了错误
来聊一聊软件安装
做生信的朋友一般对软件都不陌生，我们处理数据的整个过程或多或少的都会用到各种发表的软件，今天来和大家聊聊如何进行软件的选择及安装。 1. 软件选择 软件选择没什么需要注意的，...
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@高赫廷 没遇见过这个，感觉是模块版本和R版本不一致导致的，更新一下试试
更新AnnotationHub对应数据库
最近在使用AnnotationHub下载Orgdb数据时遇到了一个问题，使用模块更新数据后发现日期停留在了2018年，数据没有更新。现在很多分析依赖数据库数据，如果不更新，分...
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