装包是件苦差事（至少在你没有明确的思路以前）。 装包时，通常可以搜索一下包名，就能得到常规的安装命令以完成安装（这些命令通常位于github,bioconductor,cra...
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为什么我装包老是失败啊？(R装包的小建议) -
SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
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【单细胞】堆叠小提琴图展示marker基因前面学习过单细胞marker基因常见的展示图一般有：点图，气泡图，小提琴图等。但是经常面临的问题是多个marker基因的同时展示，大多数paper使用的是气泡图，今天我们来测...
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使用monocle3进行拟时序分析（从Seurat对象开始）2023-08-31适用背景 单细胞转录组分析中如果涉及到发育或具有时间序列的细胞谱系，往往需要进行拟时序分析，而最最最常用的拟时序分析软件就是Monocle，如今它已经出到了第三个版本mono...
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单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现
时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相识，到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹...
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单细胞测序--Seurat包--官网经典流程
Seurat - Guided Clustering Tutorial, July 16, 2020 https://satijalab.org/seurat/v3.2/pb...
