在《TIFF 图像格式介绍》文章简要介绍了 TIFF 图像结构，本文用代码实操一下。演示图片下载自：https://camelyon17.grand-challenge.or...
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分享由于 numpy 2 版本不兼容导致的一个问题
numpy 在 2024 年 6 月发布了 2.0.0 版本，这是个主版本更新，因此跟之前 1 版本不兼容。有些依赖 numpy 的库如果指定 numpy 版本不严格，比如只...
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TIFF 图像格式介绍最近处理 TIFF (Tag Image File Format) 格式的 WSI (Whole Slide Image) 图片，本文简要介绍一些写代码需要了解的 TIFF ...
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pip, conda, CRAN 使用清华大学镜像
pip 临时使用时可设置 -i 参数，只对当次生效。 将清华镜像设置为默认源，运行命令： 设置后内容保存在家目录下的 .config/pip/pip.conf 配置文件。 c...
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因为我只是想演示一下 apt-file search 命令，随便用了个文件。
Linux 寻找包含特定文件的包
Linux 安装软件时常遇到缺少 xxx 依赖文件的问题，尤其是制作 Docker 镜像时。一般来说网上查一下缺少的依赖文件名能找出来，可也有不那么明确的时候，或是觉得网上查...
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Linux GNU time 评估程序性能表现
在开发完程序后可能需要对程序进行性能评估，比方说运行速度和内存占用在不同输入和参数情况下的表现。在 Linux 使用 GNU time 可以很轻松地测量到这些指标，为什么说 ...
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Python 日志模块 logging 使用 root Logger 时要小心
在文章《Python 日志模块 logging 的使用》[https://www.jianshu.com/p/8d04727aa470]里介绍了利用 logging 模块日志...
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Python 处理环境变量
在 Python 可以使用 os 模块的 os.environ 处理环境变量。使用 os.environ 将获取到 Python 脚本启动时的环境变量，它是个 mapping...
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https://github.com/Boyle-Lab/Blacklist
ATACseq 分析流程
ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 ...
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我又回来了，好久没用简书，没及时回复的私信和评论都抱歉了。❤❤
Python 日志模块 logging
Python 日志模块 logging 是比较好用的，但似乎官方文档写得不是很好。这里分享一下我是怎么使用的。基础的就不介绍了，只介绍 2 个知识点：第一，日志信息如何从模块...
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Python 日志模块 logging
Python 日志模块 logging 是比较好用的，但似乎官方文档写得不是很好。这里分享一下我是怎么使用的。基础的就不介绍了，只介绍 2 个知识点：第一，日志信息如何从模块...
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路径是对的吗？
Bismark 进行 WGBS 比对
在《WGBS 全基因组甲基化测序》)讲解了 WGBS 测序原理，简而言之是 BS 处理将未甲基化 C 转化为 U(T) 而甲基化的 C 不变，从而将两者做出区分。Bismar...
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这个应该是最近kegg数据库的网络访问有问题，我记得它修改了API相应的r包作者应该要对自己r包跟着升级，如果没升级就会取不到数据。
KEGG通路数据库下载(人种)
方法一在MSigDB下载，网址GSEA | MSigDB | MSigDB Collections。下载到 gmt 格式文件使用 GSEABase 包的 getGmt 函数读...
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rentrez 获取 NCBI 数据库数据
rentrez 是 E-utilities 的 R 包封装，用它可以在 R 语言代码简便地使用 E-utilities 省去创建 E-utilities 链接的麻烦。 NCB...
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@kk_58dc 均一化吧？normalize
ATACseq 分析流程
ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 ...
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@组学小咖喱 估计类似于 WGS 和 amplicon 扩增子测序吧，你 WGS 肯定需要去重或标记重复，但 amplicon 不能，因为它本身就是大量扩增小区域进行分析，如果去重你会把绝大部分数据都丢弃了。RRBS 也是只分析基因组一小部分区域，也是进行大量 PCR 扩增。
Bismark 进行 WGBS 比对
在《WGBS 全基因组甲基化测序》)讲解了 WGBS 测序原理，简而言之是 BS 处理将未甲基化 C 转化为 U(T) 而甲基化的 C 不变，从而将两者做出区分。Bismar...
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kraken2 微生物物种分类kraken 是微生物组分析进行物种分类的工具，目前已经是第二代 kraken2 了。kraken2 对比 kraken 重点优化了数据库创建速度和数据库大小，以及分类速度。...
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自动化工具 Ansible 管理集群生物信息团队一般都有个集群，集群的管理无论是安装移除软件、修改配置或者更新等等，不能人手动一个一个节点操作，第一浪费时间第二怕不一致。Ansible 是这样一款辅助我们管理的...
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如果是 TCGA 下载的 SEG 文件，第一列应该已经是 TCGA Barcode 了吧？
CNTools 取得 CNV 矩阵
CNTools 主要功能是将多个样品 CNV 结果转换成矩阵。 输入数据为 R 包 DNAcopy 的 segment 函数结果。在 TCGA 数据集从 GDC 下载 CNV...