引言 分子生物学家一直在试图了解蛋白质或其他生物分子是怎样运作的。原子级别的结构非常有用，通常可以让我们深入了解生物分子的功能。然而，生物分子中的原子是不断运动的，分子功能和...
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分享 | CADD之分子动力学的简介（上篇） -
分子动力学模拟 对自由能画图
如何使用gnuplot：https://stackoverflow.com/questions/35818875/gnuplot-pm3d-with-contour-line...
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GROMACS分子动力学模拟一文通
一文通自然是夸大的，但是这篇文章我觉得价值不小（特别是对于安装个软件就要崩溃的小白来说，官网和现在传播的方法实在太麻烦，即使对我这种老手不小心都要翻车） GROMACS软件的...
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干货分享 | 分子对接与分子动力学模拟在药物研发中的应用前言 分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分，在生物学研究中不...
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Amber轨迹生成PDB文件
将prmtop和dcd轨迹导入vmd中，随后用vmd生成每一帧的PDB文件 pbc wrap -centersel "protein" -center com -compou...
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AMBER轨迹转换为GROMACS轨迹
可以利用amber的cpptraj 转换成gromacs trr文件 cpptraj -p myparm.parm7 -y x.mdcrd -x x.trr
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docker制作Amber18镜像
扩展docker数据池 关闭docker并删除docker数据 创建新的docker数据池 重新启动容器之后，再查看池大小 拉取centos7作为基础镜像 启动容器 这里将容...
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Amber20&&AmberTools21安装教程
Amber20&&AmberTools21安装教程 1.依赖 参考 ambermd.org[http://ambermd.org/Installation.php] 2.解压...
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Install gromacs-2023 and Amber 20 on WSL2
Install gromacs-2023 and Amber 20 on WSL2 This is a installation guide about installing...
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AMBER分子动力学模拟技术
AMBER分子动力学程序包是加州圣弗兰西斯科大学（University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其...
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AMBER生物分子动力模拟工作站配置推荐Amber是专门针对生物分子系统模拟而开发的分子动力学应用程序，AMBER 支持 GPU 加速，可运行显式溶剂 PME 和隐式溶剂 GB 模拟。AMBER 在NVIDI...
