Bowtie的中文意思是：领结，蝴蝶结 Bowtie2是比对软件Bowtie的第二版本，主要改进了支持gap比对。 Bowtie2用户手册： http://bowtie-bi...
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详解Bowtie2的比对Summary
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软件6 —— sambamba和picard
一、 基本介绍 (1) 关于PCR重复的问题 RNA-seq一般不去重复（起始量高，扩增数少；某些RNA表达量很高，导致该基因的reads的比对很可能出现一致的情况） Ch...
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用conda下载安装gatk3.8并注册
现在gatk已经更新到gatk4了，但是gatk3.8还是有很多应用的场景，比如指定多线程，并且有些功能在gatk4里找不到（也可能是我道行浅）所以记录一下之前如何安装和注册...
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R可视化之ComplexHeatmap【四】：热图小方格个性化修饰、提取亚集及热图信息特别声明：本部分（系列）内容均来自顾祖光博士对ComplexHeatmap的介绍，仅为学习交流，尊重原创。 热图系列我们已经有： R可视化之ComplexHeatmap【一】...
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WGS分析笔记（2）—— bwa vs bowtie2更新于2020.10.29 在进行正式的mapping记录之前，先记录一下bwa与bowtie2在mapping这个环节的情况。 一般对于WGS结果的mapping，一般推荐...
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Linux Top命令之load average详解
前言 因为笔者面试中被问到了这个问题,感觉自己不是很清楚,所以还是整理一下,博客中也有不少讲到top命令的,但是几乎没看到有把load average这个讲清楚的,所以还是有...
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服务器集群与PBS任务管理系统的常用命令1. 服务器集群 服务器集群就是指将很多服务器集中起来一起进行同一种服务，在客户端看来就像是只有一个服务器，集群可以利用多个计算机进行并行计算从而获得很高的计算速度，也可以用...
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如何投递任务、监控任务和终止任务；(user)现有的新服务器上运行程序一定要进行任务投递，将程序交由任务管理系统统一调度 现有的新服务器上运行程序一定要进行任务投递，将程序交由任务管理系统统一调度 现有的新服务器上运行程...
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生信常用数据库（四）：NR数据库分类搭建前言 因为完整的NR数据库下载下来后数据量非常庞大，在我们做序列比对的时候，尤其是很多很大的序列比对的时候，特别消耗计算资源和内存，最重要的是很耽误分析的周期，因此将NR...
