7a1ff93ad00b

@蜡笔小生信 这是我整个的作图流程，您帮忙看下哪里出错了

非度量多维尺度（NMDS）分析及R绘图

先上图 注：填充颜色由AI处理。 （样本和分组文件如下）（这里只是展示数据形式并不是原数据（分组名与代码中不一样）） vegan分析数据 行名样本，列名物种，内容丰度。 绘图...

蜡笔小生信

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7a1ff93ad00b

@7a1ff93ad00b > nmds1.stress <- nmds1$stress
> nmds1.point <- data.frame(nmds1$point)
> nmds1.species <- data.frame(nmds1$species)
> sample_site <- nmds1.point[1:2]
> sample_site$names <- rownames(sample_site)
> colnames(sample_site)[1:2] <- c('NMDS1', 'NMDS2')
> sample_site <- cbind(sample_site,group)
> nmds_plot <- ggplot() +
+ geom_point(data = sample_site, aes(NMDS1, NMDS2,color = site , shape = depth), size = 5, alpha = 0.8) +
+ scale_shape_manual(values = c(17, 16)) +
+ scale_color_manual(values = c('red', 'blue')) +
+ geom_ord_ellipse(aes(sample_site$NMDS1,sample_site$NMDS2,group= sample_site$site2),
+ ellipse_pro = 0.8,linetype=2,size=0.7,color='firebrick')+
+ geom_ord_ellipse(aes(sample_site$NMDS1,sample_site$NMDS2,color= sample_site$site2,group= sample_site$site2),
+ ellipse_pro = 0.9,linetype=3,size=1)+
+ theme(panel.grid = element_blank(), panel.background = element_rect(color = 'black', fill = 'transparent')) +
+ theme(legend.key = element_rect(fill = 'transparent'), legend.title = element_blank()) +
+ labs(x = 'NMDS axis1', y = 'NMDS axis2', title = paste('Stress =', round(nmds1$stress, 4))) +
+ theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))+
+ theme(panel.background = element_blank(),axis.line = element_line(color = "black"))
> nmds_plot
Warning message:
Removed 1139 rows containing missing values (geom_point).

非度量多维尺度（NMDS）分析及R绘图

先上图 注：填充颜色由AI处理。 （样本和分组文件如下）（这里只是展示数据形式并不是原数据（分组名与代码中不一样）） vegan分析数据 行名样本，列名物种，内容丰度。 绘图...

蜡笔小生信

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7a1ff93ad00b

@7a1ff93ad00b > summary(nmds1)
Length Class Mode
nobj 1 -none- numeric
nfix 1 -none- numeric
ndim 1 -none- numeric
ndis 1 -none- numeric
ngrp 1 -none- numeric
diss 648091 -none- numeric
iidx 648091 -none- numeric
jidx 648091 -none- numeric
xinit 2278 -none- numeric
istart 1 -none- numeric
isform 1 -none- numeric
ities 1 -none- numeric
iregn 1 -none- numeric
iscal 1 -none- numeric
maxits 1 -none- numeric
sratmx 1 -none- numeric
strmin 1 -none- numeric
sfgrmn 1 -none- numeric
dist 648091 -none- numeric
dhat 648091 -none- numeric
points 2278 -none- numeric
stress 1 -none- numeric
grstress 1 -none- numeric
iters 1 -none- numeric
icause 1 -none- numeric
call 4 -none- call
model 1 -none- character
distmethod 1 -none- character
distcall 1 -none- character
data 1 -none- character
distance 1 -none- character
converged 1 -none- logical
tries 1 -none- numeric
engine 1 -none- character
species 50 -none- numeric

非度量多维尺度（NMDS）分析及R绘图

先上图 注：填充颜色由AI处理。 （样本和分组文件如下）（这里只是展示数据形式并不是原数据（分组名与代码中不一样）） vegan分析数据 行名样本，列名物种，内容丰度。 绘图...

蜡笔小生信

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为啥我的的图只有一个置信椭圆啊， 最后一步提示Warning message:
Removed 1139 rows containing missing values (geom_point).

非度量多维尺度（NMDS）分析及R绘图

先上图 注：填充颜色由AI处理。 （样本和分组文件如下）（这里只是展示数据形式并不是原数据（分组名与代码中不一样）） vegan分析数据 行名样本，列名物种，内容丰度。 绘图...

蜡笔小生信

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7a1ff93ad00b

您好，我能请教您一个问题吗，我参考您的NMDS作图的建成进行作图，为啥我运行到最后一步的时候不出图，显示Error in FUN(X[[i]], ...) : 找不到对象'site2'，这是什么原因，您能帮忙解答一下吗？

非度量多维尺度（NMDS）分析及R绘图

先上图 注：填充颜色由AI处理。 （样本和分组文件如下）（这里只是展示数据形式并不是原数据（分组名与代码中不一样）） vegan分析数据 行名样本，列名物种，内容丰度。 绘图...

蜡笔小生信

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求助各位大神，为啥我做的网络图所有节点上自带一个环啊。